一般解决民事纠纷有两种方式，一种是向法院提起诉讼，一种是向仲裁委申请仲裁，合同当事人在发生纠纷时可以根据合同约定选择解决纠纷方式，如果当事人有约定仲裁的，在仲裁条款有效的情况下，当事人只能向仲裁委申请仲裁而不能向法院起诉，如果没有约定或仲裁约定无效的，那当事人需通过诉讼解决。
而当出现仲裁协议无效的情况下，如一方当事人仍申请仲裁，仲裁委也受理了案件，另一方当事人有异议的，必须在法定期限内提出，否则视为合同双方当事人已选择通过仲裁解决合同纠纷，出现的一个后果是，不仅本次仲裁涉及纠纷适用仲裁方式处理，整个合同履行过程中出现的纠纷都只能通过仲裁解决，起诉到法院法院要么不予受理，要么受理后驳回起诉。
案例：
2002年11月8日A公司与B公司签订合作合同，2009年11月26日，B公司依据合作合同第十二条“对本合同各条款的执行与解释所引起的争执，合作双方应尽量通过友好协商解决，如争议调节不成，可提交当地仲裁机构仲裁或辖区人民法院诉讼”约定向厦门仲裁委员会申请仲裁，2009年12月1日A公司收到厦门仲裁委员会受理通知及相关材料，选定仲裁员，对厦门仲裁委员会受理本案及仲裁庭组成均没有异议，双方参加了仲裁审理活动，直至2018年10月30日仲裁委作出裁决书。
后A公司因合同项下其他纠纷向福建省高级人民法院提起诉讼，福建省高院作出(2019)闽民初44号民事裁定裁定驳回A公司的起诉，A公司向最高人民法院提起上诉要求撤销一审裁定指令一审法院继续审理，2021年3月26日最高院作出(2021)最高法民终480号民事裁定裁定驳回A公司上诉维持原裁定。
上述案件中，福建省高院和最高院均认为，在B公司申请仲裁后，A公司未对以仲裁方式解决纠纷以及仲裁机构提出异议，全程参与仲裁活动直至仲裁委作出裁决书，因此合作合同第十二条关于仲裁协议的约定对双方具有法律约束力，基于案涉合作合同产生的纠纷均应通过仲裁的方式解决，不能向人民法院提起诉讼。
律师提醒：法律规定，约定争议可申请仲裁也可向法院起诉的，仲裁协议无效，但一方申请仲裁另一方未在法定期限内提出异议的除外，也就是说本来这样的仲裁约定无效但会因当事人对仲裁受理案件未在法定期限内提异议而发生法律效力，在仲裁协议/仲裁条款有效的情况下，因合同产生的一切纠纷只能通过仲裁解决不能向法院起诉。
一定要记住，法律有明确规定，当事人对仲裁协议的效力有异议，应当在仲裁庭首次开庭前提出。所以在仲裁案件仲裁委受理后，如果认为案件不应该适用仲裁方式，一定要在仲裁庭首次开庭前书面向仲裁委提出，否则视为双方就通过仲裁方式解决争议达成了合意，之后就同一合同其他争议也只能通过仲裁解决。
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