穿心莲花序轴上叶较小，总状花序顶生和腋生，集成大型圆锥花序；苞片和小苞片微小，长约1毫米；花萼裂片三角状披针形，长约3毫米，有腺毛和微毛；花冠白色而小，下唇带紫色班纹，长约12毫米，外有腺毛和短柔毛，2唇形，上唇微2裂，下唇3深裂，花冠筒与唇瓣等长；雄蕊2，花药2室，一室基部和花丝一侧有柔毛。
穿心莲蒴果扁，中有一沟，长约10毫米，疏生腺毛；种子12粒，四方形，有皱纹。
穿心莲种子繁殖：育苗移栽法法或直播法，以育苗移栽法为主。
穿心莲喜高温湿润气候。喜阳光充足、喜肥。种子发芽和幼苗生长期适温为25~30℃气温下降到15~20℃时生长缓慢；气温降至8℃左右，生长停滞；遇0℃左右低温或霜冻，植株全部枯萎。以肥沃、疏松、排水良好的酸性和中性砂壤土栽培为宜，pH8.0的碱性土仍能正常生长。
穿心莲栽培时最好分种子田（专供采种用）和商品田（专门收割全草供药用）两种。
