黑水虻虫粉在水产饲料中的应用研究较广泛，可用于替代豆粕、鱼粉和鱼油。总体上，黑水虻虫粉替代0%~25%豆粕、鱼粉和鱼油对鱼的生长性能、肠道结构、鱼肉口感和肉质无负面影响，50% 及以上可降低鱼的生长性能、影响体脂含量和鱼肉脂肪酸组成。
研究表明，在虹鳟鱼、大西洋鲑、大菱鲆和大黄鱼饲粮中分别添加0%~20%、0%~60%、0%~33% 和0%~40% 脱脂黑水虻虫粉对鱼的成活率、生长性能、饲料利用率、体指数、营养物质利用率、体组成和背部肉品质参数无影响，超过以上添加量可能会影响鱼的生产性能和营养物质的利用。这可能因为黑水虻虫粉含有丰富的几丁质，过量的几丁质可能对肠道结构产生损伤，降低营养物质的消化率，进而降低鱼的生长性能。同样，黑水虻虫粉替代25% 鱼粉对肉品质（如pH、剪切力、肉色和持水力）无影响，但替代量过高影响鱼肉的脂肪酸谱、感官特性和风味物质，包括降低单不饱和和多不饱和脂肪酸含量，提高金属味道，并降低鱼片黄度、单磷酸腺苷含量以及庚酸和辛酸的含量。
这主要归因于黑水虻虫粉的脂肪酸谱以饱和脂肪酸为主（约为67.1%），影响了鱼肉的脂肪酸谱及风味。通过在黄颡鱼和建鲤饲料中用虫油替代鱼油也得到类似的鱼肉脂肪酸谱和风味的改变，同时研究结果也表明黑水虻虫油可以调控脂肪代谢相关基因（如PPARα、HSL 和LPL）的表达。
国内的研究多使用全脂黑水虻虫粉，结果显示适宜添加量的全脂黑水虻虫粉对凡纳滨对虾幼虾（替代15%~20% 鱼粉）、黄颡鱼幼鱼（替代0%~30% 鱼粉）、鲈鱼幼鱼（替代10% 豆粕）和罗非鱼（替代0%~45%鱼粉）的生长性能具有促进作用。对黑水虻虫粉促生长作用深入的研究提示，黑水虻可以调控幼虾和幼鱼血清、肝脏和肾脏的氧化还原酶活性，提高总体抗氧化能力。另有研究提出，添加适宜水平的黑水虻虫粉改变虹鳟鱼肠道黏膜和食糜相关菌群结构，提高支原体、厚壁菌门丰度，减少变形菌门含量；同时提高肠道黏膜和食糜菌群的多样性。这可能主要因为几丁质的益生元特性。
因此，在水产饲粮中添加适量的黑水虻虫粉可能有益于提高机体总体抗氧化能力，改善动物肠道菌群的结构和多样性，进而促进其生长性能。
