要达到牡丹植株株型完美、生长旺盛和年年开花的目的，需通过选留主枝、修剪、抹芽等技术措施，把握好时机除去繁枝赘芽、枯枝、病虫枝，维持地上部分与地下部分的动态平衡，确保植株有均衡适量的枝条和美观的株形，使其通风透光，养分集中，才能生长旺盛，开花繁茂一致。主要措施有如下几个方面。
（1）选留枝干
牡丹定植后，第一年任其生长，会在根颈外萌发出许多新芽（俗称土芽）；第二年春天时，待新芽长至10cm左右时，一般从中挑选几个生长健壮、充实、分布均匀者保留下来，作为主要枝干（俗称定股），余者全部除掉。此后每年或隔年断续选留1～2个新芽作为枝干培养，以确保株丛逐年扩大和丰满。
（2）酌情利用新芽
达到牡丹花大艳丽的效果，常结合修剪进行疏芽、抹芽工作，使每枝上保留1个芽，余芽除掉，并把老枝干上发出的不定芽全部清除，以使养分集中，开花硕大。每枝上最好应保留充实健壮的芽。有些品种生长势强，发枝力强且成花率高，每枝上常有1～2个甚或3个芽都能萌发成枝并正常开花，对于这些品种每枝上可适当多留些芽，确保增加着花量和适当延长花期；而某些长势弱、发枝力弱并且成花率低的品种则应坚持1枝留1芽的修剪举措。
对于开过花的植株，如不作留种，应及时剪去残花，不使其结实，以免徒耗养分。在入冬前或早春还应当剪去每枝上部枯死部分的枝梗。 对于生长势旺盛、发枝能力强的牡丹品种，一般只需剪去细弱枝，保留全部强壮枝条，对基部的萌蘖应及时清理，以保持美观的株形。在生长2～3年后定干3～5枚，其余的干全部剪除。
5～6月开花后一般将残花剪除；6～9月花芽分化，10～11月则缩剪枝条1/2左右；从枝条基部起留2～3枚花芽，一般适时摘除1枚弱花芽，以保证来年1～2枚开花。每年冬季需剪去枯枝、老枝、病枝、无用小枝等。对新定植的植株，则应在第二年春天把所有花芽全部除去，不让其开花，以集中营养促进植株的发育。
牡丹修剪
（3）整枝 牡丹为丛生状灌木，用于观赏定植的牡丹，每株留5～8个分枝，除去细弱的冗长枝。留下的枝条应分布均匀，高矮适度。如所留枝条部位不适时，也应除去，选留根颈处的土芽（分蘖芽），培养成枝。用于繁殖用的植株，可完全保留其全部土芽和枝条，愈繁密愈好，以分株的方式培育枝干。
（4）除芽 除芽能够保持枝条匀称，开花繁茂，整齐一致，控制花朵的多少和根部生长的强弱。《植物名实图考》一书内说：“种牡丹者，必剔其嫩芽，则精脉聚于老干，故有芍药打头，牡丹修脚之谚。”牡丹的花芽生长处在顶芽或顶芽下的第一个侧芽。因此，牡丹除芽通常是指保留顶芽，除去土芽和选留出来的枝条上无用芽。为了保持株形，还要清理过高枝条的顶芽，留其侧芽令其开花；顶芽发育不健全者，应留下发育较好的侧芽。
除芽时间，通常在每年的春分与清明之间，过早，土芽尚未出土，在土壤内，对根部养分还能起输导作用；过迟，牡丹冗枝生长旺盛，消耗了养分，抑制了枝条的正常生长。牡丹栽培第一年不进行除芽工作，留下所有的枝条和芽子，任其自然生长。
第二年春季，土芽伸长5～6cm时开始除芽，判断出强壮的或分布均匀的枝条或土芽5～8个，其余的芽子用刀或用手全部清除处理。 牡丹嫁接成功两年内，最好不让其开花，春季发现有花蕾时及早除去。特别采根供药用的牡丹应如此。因为开一次花，要消耗大量的养分，影响植株根部生长，有的植株会呈现老年状态。
