第一次忍界大战
柱间逝世，五大国果然不出所料地进入战乱，爆发了第一次忍界大战
参战首领有：二代火影扉间、二代雷影艾、二代水影幻月、二代土影无，风之国有没有参战无法考证
水、土两国可能因为无和幻月的历史恩怨不和，无和幻月两大首领同归于尽。三代土影大野木和三代水影上位，大野木议和，水、土两国矛盾解除。
二代雷想趁柱间刚去世，准备偷袭木叶，但刚上位的扉间并非等闲之辈，带领猿飞日斩为首的年轻人绝地反击，把云隐部队打回雷之国，而扉间也凭借自己开发的飞雷神之术得到了“忍界第一神速的称号”。二代雷一看局势不对，准备议和，结果下面的金角银角兄弟出来反对，也就是在很早以前在九尾肚子里吃过肉、还继承了六道宝具的六道仙人后代，但二代雷并不听，因为在这样下去云估计就要完蛋了，结果在议和会议上被金角银角暗*。二人还带领精英部队追*扉间猿飞等人。扉间自己留下作为诱饵，并任命猿飞日斩为三代火影后英勇牺牲。后来宇智波镜消失，秋道取风回家养老，剩下四人以三代为中心开始掌权
第一次忍界大战结束。战胜国为火之国
第二次忍界大战战前
三代改良了原先二带六的教学模式，改成了一带三（三代一），并亲自培养初代孙女纲手、平民大蛇丸和自来也。但这三个人后来都成为了三大仙地的传人。欧皇自来也第一次通灵之术就到了妙木山，并且一去就修行了仙术，比鸣人还早得多。大蛇丸和纲手也分别与龙地洞、湿骨林签订了契约。
由于一战各国损伤惨重，所以几十年都没有爆发战争。
而对于拥有强大封印术的涡之国涡潮村漩涡一族，却被周边的人排挤，最终被灭国。与此同时，作为漩涡一族的初代夫人漩涡水户也自感时日无多，从自己的故乡涡潮村召来年轻优秀的女孩玖辛奈作为下一个九尾人柱力。水户嘱咐玖辛奈，要找到爱（具体是什么话我记不清楚了）就能快乐地度过人柱力的生活，于是玖辛奈就早恋了。中途，玖辛奈还在忍者学校的时候，云隐又不老实，潜入木叶准备偷人柱力搞事。可能是当时木叶安保还不完善吧，居然进来了没一个人发现，但是在离开时，被一个同为忍者学校的学生偷袭，三个上忍被秒*，那个学生，就是未来的四代目火影——波风水门，那米卡谁米娜头。几年过去了，猿飞的三个学生也有了自己的学生，大蛇丸培养纲手的弟弟绳树，纲手培养恋人加藤断的侄女加藤静音，自来也就培养的是刚刚说的那个波风水门。
斑在地底下藏着没死，让白绝把轮回眼移植给了漩涡一族的旁系末裔之一——长门
第二次忍界大战
木叶建村30年左右，各国国力恢复，迎来了第二次忍界大战。
参战首领：三代风影（姓名不明）、三代目火影猿飞、三代目土影大野木、三代目雷影艾
木叶派出的主要战力就是三代的三个学生：大蛇丸、纲手、自来也，砂隐派出初代风影之妻千代的部队，以及岩隐派出的部队在雨之国雨隐村附近混战。混战期间，从大蛤蟆仙人那里得到指示的自来也边打仗，边寻找者传说中的预言之子，并遇到了傀儡师（修罗道）、泷隐忍者（人间道）、风魔一族忍者（畜生道）、草隐忍者（饿鬼道）和某教主（地狱道），都没有发现自己想要的人。
雨之国首领山椒鱼半藏觉得非常不爽，凭自己强大的实力，向三大国宣战。开始砂与岩混战取得了优势，结果木叶还是取得了混战最后的胜利，但他们依然无法击败忍界半神——半藏。半藏见自来也三人乃忍界豪杰，便放过了他们并给了他们“木叶三忍”的称号。三代风影趁虚而入，派蝎的父母——初代风影的儿子和儿媳偷袭木叶，没想到木叶还藏着一张底牌——旗木朔茂，也就是卡卡西的父亲。朔茂前去迎战，*掉了砂隐偷袭的二人，得到了“木叶白牙”的称号。三代雷一看三国混战，企图偷袭土之国。大野木连忙撤兵回防，损失惨重。
木叶三忍从半藏手下逃出来之后，在雨之国发现了三个落难的孤儿——长门、弥彦和小南。拥有红发和轮回眼的长门得到了正在寻找预言之子的自来也的关注，并坚信这个红发儿童就是传说中的预言之子，留下了照看三个孩子，让他们都有了自立能力。后来自来也离开之后不久，就收到了三个孩子去世的消息，也停止了对预言之子的寻找。再后来，大蛇丸的部下绳树被起爆符炸死，纲手的恋人加藤断牺牲，初代的项链回到纲手手里，纲手也不再送出那条项链。与两人相同，大蛇丸也感受到了生命的脆弱，于是在战争结束后回村研究生物技术，还培养了御手洗红豆。木叶三忍在二战之后分道扬镳。第二次忍界大战结束。战胜国依然是火之国。
第三次忍界大战战前
大蛇丸在团藏的支持下，做了很多惨无人道的人体实验，终于拿出来了成果——木遁忍者甲。甲被团藏带到根培养，而大蛇丸在柱间细胞培养移植实验之后，走上了更深的科研道路，甚至引起了三代的注意，可三代心软没想*掉大蛇丸，让大蛇丸跑了，自来也去追，没有把大蛇丸追回来也成为了自来也心中的阴影，自来也也外出旅行，很少回木叶。与此同时，二战英雄木叶白牙因为保护同伴而放弃了任务，遭到很多人的谴责，于是白牙忍受不住谩骂最终自*，但在白牙死前，留下了一个五岁的出色孩子——旗木卡卡西。卡卡西从此性情大变，不再把同伴放在首位，而是绝对优先地完成任务。在白牙死前，和自己的儿子遇到了热血两父子，白牙看人很准，看出来了那个孩子会成为卡卡西强劲的对手，卡卡西开始还不信，后来真的和那个孩子成为了很好的对手和朋友，那个孩子就是——迈特凯！将来会成为比任何人都强的男人！（全体起立！）凯在成为一名出色的忍者后，他的父亲迈特戴将自己花了20年学习的禁术——八门遁甲托付给了凯，让凯也对自己的父亲刮目相看，那禁术也成为了凯将来封神之战的代表。自来也的徒弟波风水门长大了，也带上了自己的学生——白牙之子旗木卡卡西、宇智波孤儿宇智波带土、平民野原琳。三人也参加了中忍考试，最终除了优秀的卡卡西成为了上忍，其他两个都成为了中忍。不久，第三次忍界大战爆发
第三次忍界大战
参战的首领和二战一模一样，都是各村三代，只是加了一个三代水影，去掉了三代风影。
波风水门本人赶赴云隐-木叶战线，对阵三代雷之子和八尾人柱力交手，获得了第二个“忍界第一神速”和“黄色闪光”的名号（你说巧不巧，二代和水门都在木叶和云打仗的时候拿到的称号），四代雷也在之后的统治生涯中让所有部下：“见到黄头发刺猬头就跑，不完成任务都没有关系，尤其要注意他那个什么什么闪光超什么式来着，反正跑就对了。”记仇的大野木趁此机会，派一万岩忍偷袭云隐，结果三代雷影一人挡下，与一万岩忍部队大战三天三夜，同归于尽。三代雷之子无心恋战，赶忙回防并继承雷影之位，大野木撤兵。出于木叶连着两次当战胜国，大野木和三代雷联手进攻火之国，波风水门的三个学生赶赴雾隐-木叶战线支援，接受了炸掉神无毗桥的任务，宇智波带土在开启二勾玉写轮眼后壮烈“牺牲”，并将自己的左眼托付给了卡卡西，战局扭转。卡卡西再次性情大变，不再以完成任务为唯一标准，把同伴再次放在首位考虑。谁知带土在地底下被某个老年人救活……带土在地底下经历了什么大家也都知道，我就不多讲了。但是不料雾隐突然插手，卡卡西、琳、水门回防，白绝见状连忙带着带土奔赴前线。与此同时，斑让傀儡忍者把琳抓起来把三尾封入琳体内，并在琳心脏里下了咒印，企图让三尾在木叶暴走，毁灭木叶，琳却在带土刚刚赶到的时候自己借用卡卡西的雷切刺穿了咒印，也刺穿了自己的心脏，后面的事，大家也都知道了。雾隐虽然正面交锋受挫，但又派遣忍刀七人众偷袭木叶大后方，没想到木叶一个下忍过来，就把身为精英上忍的忍刀七人众打死了四个，只有西瓜山河豚鬼、黑锄雷牙、枇杷十藏得以撤回雾隐。木叶激进派的团藏本来准备一鼓作气，灭掉土之国，可是三代却向大野木议和，失去了一次重要的机会。团藏则以此为由弹劾猿飞，强迫猿飞退位，让大蛇丸上位，可是猿飞也不简单，在之前就内定了三战功臣波风水门为四代火影。第三次忍界大战结束，战胜国依然为火之国
