扁平疣的治疗分为局部治疗和系统治疗。
1.局部治疗包括：局部破坏性治疗如液氮冷冻、激光气化、电切除等，亦可局部使用0.1%维A酸软膏等。外用维A酸的疗效可能涉及诱导局部刺激反应。另外局部外用咪喹莫特乳膏、*人干扰素α-2b软膏发挥免疫调节及抗病毒作用有一定疗效。
冷冻疗法通常根据需要每3-4周重复实施。外用维A酸、咪喹莫特和氟尿嘧啶通常是每日涂用，预期会在数周内出现疗效。
首先呢就是*死病毒，保证呢，不再繁殖增加，不再扩散，三个月以后疣体基本上大的变成小的，小的变成没有了，外用维生素A的衍生物为主，维甲酸软膏、阿达帕林、再长期涂抹，2到3个月这些疣体逐渐的脱落、消失 。
近些年来，艾拉光动力治疗亦被证实安全有效。口服或外用中医中药可通过解毒散结，祛瘀通络，促进疣体逐渐脱落，发挥一定作用。
2.系统治疗少，常用于因严重免疫缺陷所致病者。一项纳入29例顽固性面部扁平疣患者的随机试验显示，口服异维A酸(30mg/d)比安慰剂更有益。异维A酸的副作用使其是一种不太有利的一线治疗。
需要指出的是：治疗方法的选择需遵医嘱，尽量减少产生瘢痕、色素沉着等副作用。本病可有自限性（一两年以后也可能自己就好了），切忌自行过度治疗。
大多数针对扁平疣的干预措施的效果都还未经随机试验评估，也没有足够的数据得到效果比较的结论。
注意事项选择治疗方式前应仔细考虑治疗副作用。
特别是对于面部等外观要求较高部位的扁平疣。尽管水杨酸和冷冻疗法是被广泛认可的非面部扁平疣的一线治疗，但面部扁平疣通常避免使用水杨酸治疗，因为面部没有显著的角化过度并且水杨酸可能会造成过度皮肤刺激。
同样，由于冷冻疗法有导致色素沉着减少的风险，通常避免用于治疗面部扁平疣。在实践中，我们通常使用维A酸、咪喹莫特或氟尿嘧啶作为面部扁平疣的一线治疗。
值得注意的是，这些局部治疗可能引起皮肤刺激，导致炎症后皮肤色素沉着过度。深色皮肤患者发生炎症后皮肤色素沉着过度的风险最大。
专家表示：偏方和祖传秘方都不靠谱，治疗性和安全性都没有保障。扁平疣很顽固，专业的治疗方法才能避免走弯路。
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