从《名侦探柯南》开播到现在，毛利小五郎在剧中的身份一直处于柯南推理的代言人和让主角一行利用名侦探小五郎的名义合理进入参与案件调查的钥匙。
自从柯南来了小五郎家里，毛利侦探事务所的委托明显多了不少，在经历过几百个案件后，大部分以小五郎被麻醉沉睡后柯南进行变声推理，推理完后清醒回来装作是自己破的案。看到毛利小五郎这样，我们观众早就有疑问，难道小五郎真有这么傻，每回在案件中都睡着，就不会怀疑这其中有问题？
那么按毛利小五郎的性格来看，是否会对这一切产生疑问？从网络上讨论的结果来看，首先有俩个疑问：
1、在案件中突然睡着是怎么回事
2、柯南究竟是什么人
对于这个问题，其实在原作中作者有让小五郎有过疑问。
在《电视台*人事件》, 他问柯南，为什么一见到他就想睡，但由于冲野洋子到来也就没了下文。在《红鬼村火祭*人事件》中，小五郎突然发现自己每次都是被这个柯南提醒之后才有了头绪，想起案件的关键，所以开始怀疑他，当时当柯南一不小心将照片洒落在地上，小五郎就打消了这个念头，依然当他是个小鬼。
从这两个案件中，小五郎至少有去思考过柯南这个人的身份之谜，为什么一个小鬼会如此聪明，对查明案件有着很关键的推动作用。
细看毛利小五郎和柯南的独处的案件调查中，毛利小五郎对柯南的态度跟平时是完全不一样的，对柯南提出的建议也会接受并执行。再到前不久出的动画《死了两次的男人》里，柯南通过变声器用毛利小五郎的声音了解案件情况，然而毛利小五郎发现后只是说： “下次再顶着我的名头骗人我就揍死你”。从这句话中至少可以知道毛利小五郎早知道柯南用变声器向警察做过调查。
从上面的示例和结论来看，毛利小五郎通过早期的怀疑到后面的习惯，期间应该对柯南做过相关调查，他确实是知道了柯南的真实身份，只是不知道什么原因没有明说出来，还有一个问题就是毛利小五郎究竟是何时知道柯南身份的，原作中并没有提出来。
