2019年的废水处理违规。去年8月，CDC发现RIID没有“足够的系统来净化废水”。实验室的发言人说，他们的蒸汽灭菌设备在2018年5月就遭到了洪水的破坏，只好使用化学净化的方法。也就是说，在长达一年多的时间里，这家实验室的废水处理方法是违规的。
据媒体报道，CDC发现的问题比这多多了。
CDC认为，这个研究所没能落实和持续执行保证特定物品或病毒安全的控制措施。虽然没有说明具体违规情况，但媒体猜测这可能指的是，作为P4实验室，这个研究所在特殊防护设备、气流控制和标准操作程序等方面有漏洞。
今年3月，美陆军退役上校戴维·弗兰兹在和《细菌：生物武器和美国的秘密战争》作者朱迪思·米勒联合署名的一篇文章中直言了RIID的管理不善。
弗兰兹1993-1995年是RIID副主任，1995年-1998年任主任。
弗兰兹指出，RIID的问题之一就是没钱。他援引了《每日野兽》的报道说，国防部扣留了包括RIID在内的军事实验室总计1.04亿美元的研究经费。没钱的话，项目不仅要停，也留不住科学家。弗兰兹感慨道：“实验室已经沦为五角大楼的孤儿。”
其二是行政干预过多。从研究所主任的选拔来看，以前都是从陆军实验室研究人员中提拔出来，但在过去10年里，RIID一共换了五任所长，没有一个是懂行的科学家，他们怎么能够充分理解复杂的P4实验室结构和广泛的研究任务。
其三是人员流动性大。1998年时，RIID的工作人员中，穿制服的军事科学家和技术人员以及文职人员大约各占一半，承包商雇员只有两个。但是在现在的800名员工中，大约有300名是承包商，流动性快，士气也低落，难以吸引到年轻的科学家。
《纽约时报》2002年曾经采访过一位1986年-1997年在RIID工作过的兰德福先生。兰德福说，研究所只有“一个非常松散的组织，近乎没有”。他说，我在那里工作了11年，从来没有人问过他“你整理的东西放在了哪里”。就连他离职的时候，连续3天抱着纸箱出入，也没有人查看。
兰德福说，“我当时做的试验与肉毒杆菌有关，它是世界上最致命的病毒之一”。但可笑的是，“如果找不到显微镜，会是个麻烦。但你把可以*死数千人的5微克肉毒杆菌放错了，却没有人会发现”。
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RIID被爆出这么多问题，为什么这些年没有看到多少改观？这就要说到它与美国军方，以及CDC的微妙关系了。
拥有美国军方唯一的P4实验室，表面上看不再从事生物武器研究，肩负的使命主要是医学防护。这个研究所总有许多项目在同时开展，例如研发针对炭疽或肉毒杆菌等各种细菌的疫苗，研究有可能以天然疾病或战地武器方式，侵袭美军士兵的各类病毒。
虽然这是美国陆军下属的研究所，也是美国军方唯一的P4生物实验室，但是因为很多项目跟民间息息相关，而且项目的经费来源有不少也是从政府划拨，所以在业务上美国疾病与控制中心（CDC）对这个实验室有指导权。
美国CDC与陆军传染病研究所的关系非常微妙、复杂。
CDC是国家的行政执法机构，任务是负责对流行性疾病和传染性疾病的监测、预防和控制，它在紧急情况下可以对相关人员和地区进行强制隔离，切断其进入通道；它还有权在疫区内，对染病畜禽进行强制扑*，其权力不能说不大。
这个机构于1946年组建时被称为防治传播疾病中心，以取代其前身战区疟疾控制项目，多少与军事有些相关色彩。在二战期间，建有军事基地的地区蚊虫肆虐，该项目曾努力制止携带疟疾病毒的蚊子将其传染给民众。
即便现在，美国疾控中心与军方也是有合作的。
在人员和科研项目上，美国陆军传染病研究所就雇佣了军方和民间科学家以及高度专业化的人员。其研究人员经常与美国CDC、世卫组织以及世界各地的主要生物医学和学术中心展开合作。
