3.1、澳大利亚土著在相对封闭的环境中，先是分为巴布亚新几内亚和澳大利亚两个土著人群。
3.2、澳大利亚土著人群，有分化为东北部土著和西南部沙漠土著两个人群。
3.3、东亚人群在历史上，曾经登陆过澳大利亚，对东北部人群形成基因贡献。
不同的土著人群中，存在交流，一般认为，在很晚的时期，澳大利亚土著人的语言被东北部某个人群所统一为近似的语言，形成了Pama-Nyungan languages语系，但他们的基因则独立保留了下来。
三、澳大利亚土著的父系
曾经有文章认为，澳大利亚土著全部是C，并且将全部C视为矮黑人的特征。
通过这篇论文的数据，我们看到，澳大利亚土著的基因是十分丰富的，主要有C1b和K2b等土著类型，也有R、O、I、E等欧洲和东亚移民影响，其中以欧洲白人殖民者的R1b最多，东亚人则主要是东南亚的O1a和O2a。
C1b（实际是C1b2）类型分布略高于K2b，这个类型和中国南部的零星分布的C1b1是亲缘关系（C1b1在壮族等少数民族中占比可以超过1%），在付巧妹团队的论文中，这个类型在古代1500年前后的广西有大量发现。古代这个类型和C1a2还曾经在欧洲古人中被发现，C1a1则分布在现代日本阿依努人中，显示这个类型的曾经遍布欧亚大陆。
K2b是现代最成功的类型之一，其下游包括K2b1的M和S，分布在澳洲和巴布亚新几内亚地区，而K2b下游的P，则是现代欧洲人主体R和美洲土著Q的祖先。（非常有意思的是，原生而非混血的金黄色头发中，最高发的比例就是欧洲R人群和澳洲土著人群）
古代数据中，K2b被发现于4万年前的北京田园洞遗址（这个个体疑似是P），另外，安达曼群岛也发现了P类型的最古老分支之一的P-M1254的古代DNA，P-M1254是后来所有R和Q的祖先类型。
可能的K2b迁徙路线是：
①：K2类型在4.5万年前产生于东亚；
②：K2类型在4.5万年前在东亚分化为K2a、K2b等类型，其中K2a分布偏北，K2b分布偏南，其中偏北的K2a是N和O的祖先。
③：偏南的K2b类型在4.3万年前在分为K2b1和P支系，其中K2b1是澳洲人祖先，P则是欧洲R和美洲土著Q的祖先。
④：K2b1在距今在4.1万年分化为澳洲的K2b1和巴布亚新几内亚的M、S。
⑤：P类型在东亚南部地区（或东南亚）分化为P-PF5850（分布在马来西亚）、P-BY49600（分布在菲律宾）和P-M1254（安达曼群岛古代DNA）三大支，P的三个最深的分支都在东南亚地区，足以说明P的起源在这一地区。
⑥：P三大支之一的P-M1254类型，在最晚在距今3.1万年前从东南亚北上形成P-P337（俄罗斯古代DNA），并在2.9万前发展出R*（如俄罗斯马耳他古DNA）、2.8万前发展出Q类型，这两个类型从北亚开始扩散到全球。
澳大利亚土著人的父系基因谱系表明，他们自4-5万年前分化后，一直生活在澳洲大陆，并且遗传到今天，虽然澳洲土著人口极少，但他们的基因丰富程度和古老程度，则远远超过了东亚人和欧洲人，有些分化是从4-5万年一直保留到今天的。他们的谱系关系如下图：
