除用墨以外，设色对中国画至关重要。白石师对于颜色非常重视，他曾说：“用色重于用墨。墨色不易褪，而颜色则容易褪。因此用色宜浓厚。”他在花卉创作中，用的主要是红、黄、蓝三原色，其他颜色大都用这些原色调配而成。
在红色颜料中，他早年是使用胭脂红。这种颜料制作非常麻烦，须把许多胭脂饼（当时妇女擦脸用的化妆品）先用水浸泡，再用手把水挤出来，待其沉淀后再加胶调和方可使用，而且胭脂还有容易褪色的缺点。后来，他受吴昌硕影响，多用西洋红颜料。他常说，西洋红“色夺胭脂，古艳绝伦”。西洋红色吓到深红略带紫色，艳丽而沉稳，遗憾的是价格昂贵，时间一长也有缓慢变色的缺点。
对于黄色，白石师常将藤黄掺石黄使用。他认为藤黄颜色薄且易变化，石黄属矿物质颜料，二者掺在一起可使颜色薄厚适中，并可持久不变。
白石师使用的蓝色颜料以花青为主。花青是用大青叶制成的，俗称蓝靛，属植物颜料，易褪色，白石师就掺入矿物质颜料石青合用，使颜色持久。一般花青膏胶性较大，他就掺入青黛面，以降低它的胶性，并使色彩呈现沉稳古朴的效果。
