首先，要提到一点，X-E3取消了内置弹出式闪光灯，但随机附带了一支小巧的折叠闪光灯EF-X8。闪光灯的质感处理的也比较到细腻，漆面和X-E3的漆面保持了一致。
正面来看，最明显的变化就是在保证右手握持手感不变的情况下，X-E3的机身宽度比X-E2s减少了7.7mm，横向减少了7.7mm让X-E3一下子看起来紧凑许多。并且通过将厚度增加5.5mm以及将镜头位置向机身左侧偏移，保留了足够的握持空间，并且手感还更为紧致，没有因为缩减尺寸而导致握持困难。
背面的变化尤为明显，最突出的就是取消了方向按键区，增加了一枚八向拨杆。整体来说，X-E3将所有按键都移动到了LCD显示屏的右侧，提升了单手操作的便利性，并且精简合并了一部分快捷按键。X-E3的背后按键布局可以让摄影师完全单手操作，眼睛不离开取景器就可以完成全部操作。
在机身宽度减少，并且按键都放置在LCD右侧的情况下，再容纳下方向键组合就显得非常拘谨，因而取消掉了四向方向键和Menu&OK键组合。原本的方向调整可以被八向拨杆所替代，而MENU&OK键则置于八向拨杆的下方，这个设计的改变需要玩家们适应一段时间。
