清朝入关后，只有同治皇帝用过两个年号，“同治”之前是“祺祥”。按大清朝祖制，一般是皇帝举行登基大典之后才会颁定年号，但是咸丰皇帝驾崩不久，八大臣就给小皇帝拟定了“祺祥”年号。
同治登基前后天下很不太平。英法联军侵入北京，咸丰帝匆匆逃往热河，银价上涨，昂贵的物价搞得民不聊生，而且当时京城中的富商囤积了大量的铜钱，市面上流通的现钱更加短缺，因此肃顺等人想铸造一批新钱来稳定物价。
“同治”这个年号被两宫太后钦准后，肃顺等人立即派人到云南采办铜料，开铸“祺祥重宝”大钱，没过多久，就铸造了一批新钱的样品。这些钱用上好的云南铜料铸成，非常精致，份量也很足，正面是汉文，上刻“祺祥重宝”四个大字，背面是这四个字的满文。只需等到小皇帝返回北京，举行登基大典，这批钱就可以在全国发行。
但是，两个月后就爆发了“祺祥政变”（辛酉政变），八大臣或被*或被放逐，八大臣起的这个年号本是吉祥之意，却给他们带来了厄运，于是，“祺祥”年号和“祺祥重宝”尚未正式颁行就胎死腹中了。
作为胜利者的两宫太后和奕䜣对这个不吉利的年号，自然是不会再用了，于是他们开始商议更改年号。奕䜣集团的成员李慈铭认为，肃顺在幼帝即位之前就拟定年号不合祖制，同时讥讽肃顺等人不学无术，“祺祥”年号文义不顺，“祺”字从未用作年号，“祥”字历史上也少有人用。
尽管李慈铭百般讥讽肃顺等人，但他在否定别人之后，搜肠刮肚也只想出了“熙隆”和“乾熙”两个年号。含义是康熙、乾隆号称盛世，这两个皇帝的福泽最厚，因此各取一字，表示当年皇帝能与先祖一样福祚绵长。
不过，奕䜣对这两个年号都不满意，因为康熙、乾隆之间隐含了雍正，容易让人想起雍正时期骨肉相残的事，同时也勾起一件旧事，奕䜣因为和咸丰争皇位而伤了手足之情，此事一直是他的隐痛。再加上这两个字祖上已经用过，再用显得毫无新意。
最终，经过奕䜣、文祥等人共同商议，才决定了“同治”这个年号。这两个字含义很深，非常巧妙，在两宫看来，是两宫同治，不分嫡庶。慈安对权利并不看重，但慈禧很重名位，对于地位相对逊色的她来说，“同治”二字说明了两宫并尊，没有高下之分，因此十分满意。
另外，“同治”也有“同于顺治”之意，无意中触动了慈禧内心隐秘的*，她联想到了顺治朝的孝庄太后，她名义上辅佐幼帝，实则掌握朝政，而且还成为了清初著名的女政治家，受到历朝皇帝的尊重，这其实也是慈禧内心所想的。
不过，历史也常常惊人相似，同治和顺治在很多地方如出一辙。在清朝皇帝中，只有两个皇帝是六岁登基，这就是清朝入关的第一位皇帝顺治，以及皇宫中出生的最后一位皇帝同治。而且他们都是因患天花早早去世。
从奕䜣这个角度来说，“同治”就是君臣同治的意思，比如恭亲王奕䜣因为在政变中居功至伟，被授予“议政王”的头衔，这就是“同治”最好的注解。在老百姓眼里，“同治”则是上下一心。总之这个年号让所有人都皆大欢喜。
