1950年拉贝去世后被埋葬在威廉纪念墓园内。但因德国对墓地占用时间有限制，拉贝墓租期过后，陵园管理处打算将其清除。拉贝的亲属随后决定将拉贝墓地上的黑色花岗岩墓碑拆下，捐赠给侵华日军南京大屠*遇难同胞纪念馆。
从此，威廉纪念教堂墓园内的拉贝墓地再也无碑可认。拉贝的墓地就只剩下一小块用水泥条圈起的青草地，没有墓碑，更不存在雕像。
侵华日军南京大屠*遇难同胞纪念馆内保存的拉贝墓碑
为报恩，2007年开始，南京市便派专人前往德国柏林商议修葺拉贝墓地一事。经过不懈努力，拉贝先生的墓地被重新修葺，并于2013年12月11日举行了落成仪式，南京市还一次性付清了40年的管理费用。
今天，在南京拉贝故居里，拉贝的雕像前摆满了菊花。
许多网友参观完都感慨，“无法想象拉贝先生是怎么用这么小的房子，保护了近600名南京市民的”。
有一位网友在微博上，忆起曾经参观拉贝故居时，在留言本上看到的一段话：
“我们之所以对未来生活和人类文明充满希望，那是因为即使在人类最灰暗的时刻，也总有人挺身而出，他们用的只是人性的光芒，他们是历史上闪耀的人类之光。——确诊抑郁症的第一天”
这条博文下，网友们纷纷留言，希望这位自称确诊抑郁症的陌生人能从拉贝故居中获得力量，战胜病魔。因为即便是在那个人类最灰暗的时刻，世界仍有光芒。
