一般情况下病人会被隔离在自己家里，但也有一些地方做出过一些极端行为：把病人放逐到荒郊野外任其自生自灭，更有甚者直接把病人活埋以避免传播他人......这样一些极端案例在当时的确是客观存在的，但即使在当时这也并不是一种普遍现象。更多的人还是被隔离在家中：会有专人给他们提供食物等必需品，但患者不允许踏出家门半步。隔离者居住的房屋会被写上了一个大大的“P”字。
这是为了警告、提醒路人：此屋住有黑死病人，所以要小心迅速躲开。通过这种严密的隔离措施使携带鼠疫杆菌的跳蚤在市镇间的传播被大大减少，因此黑死病通过鼠类、跳蚤传染给人的风险就被降低了。当然那时的隔离措施在客观上也造成了对病人污名化的负面效果。14世纪欧洲的隔离措施并不是绝对正确的，但这些措施对推动人类近现代医疗隔离制度是一次关键的试验。
事实证明隔离实行得越严格的地区鼠疫向外扩散的风险就越低。最先采取隔离措施的米兰在黑死病肆虐欧洲的那些年成为了损失最小的“幸运之城”。在此后的几百年间通过隔离防治鼠疫逐渐成为地中海世界司空见惯的做法，而且人们也吸取了14世纪隔离制度的负面教训从而使隔离制度更加正规完善。黑死病在促进近现代医疗隔离治疗制度发展的同时也间接成为了15世纪地理大发现的诱因之一。
黑死病的肆虐打破了人们对上帝的迷信盲从。有些人逐渐意识到成天祈求上帝并不会使自己得救，那么说到底自己的命运还是得掌握在自己手中。强调人的主观能动性这样一种人文主义思潮开始在欧洲日益流行起来。正是这种人文主义思潮促使了文艺复兴的诞生，而恰恰正是文艺复兴标志着欧洲由蒙昧落后的中世纪迈向富强文明的近现代。上文提到的黑死病肆虐时期的意大利作家薄伽丘正是人文主义作家的代表之一。
