上个世纪90年代，国家先后推出了“211工程”和“985工程”，以建设一批高水平大学和若干所世界一流大学。211工程和985工程面向国内高校遴选，名额少，竞争激烈。因此各高校为了入选这一名单，纷纷八仙过海，各显神通。
为了在短期内提高自身的综合实力，各大高校纷纷选择合并，以冲击211工程和985工程。举例来说，原山东大学就选择了同城的山东工业大学和山东医科大学，成立了新的山东大学；原吉林大学则选择与同城的吉林工业大学、白求恩医科大学等五所高校合并，成立新的吉林大学。
山东大学
云南地理位置优异，在“一带一路”中具有重要的战略价值。但云南的高等教育却一直存在着大而不强的问题，近5000万常住人口仅有1所双一流高校。尽管在国家的支持下，云南大学得以进入世界一流大学B类建设高校，但云南大学的实力相较世界一流大学还有很远的路要走。
但将云南大学做大做强的想法不是没有想过，其实早在上个世纪90年代，云南大学曾有机会与昆明理工大学和云南工业大学合并，打造西南地区的综合性重点大学。但由于种种原因，这个合并方案没有通过。而是由昆明理工大学和云南工业大学合并，成立了新的昆明理工大学，打造云南双子星的模式。
云南大学
云南高校合并的三种方案1997年底，经国家计委和教育部正式批准，云南大学代表云南正式进入211工程。也是在同一时期，全国各地的高校先后开始酝酿合并，以冲击985工程和增强本地区旗舰大学的实力。云南有关方面在郑重考虑后，提出了以下三种合并方案。
第一种是将昆明理工大学和云南工业大学并入云南大学，成立新的云南大学。平心而论，这是最接近吉林大学和山东大学那种合并模式的，即将省会的优质资源统统打包，打造一所旗舰高校。这种模式优点和缺点都很明显，可以称为吉林大学模式的云南版。
昆明理工大学
第二种模式则是将云南大学和昆明理工大学两所高校合并，强强联合。昆明理工大学是在1954年由云南大学分出，两校仅一墙之隔，合并后学科互补性强，综合实力提升显著。而且当时教育部的领导多次表态，希望促成这个合并。
第三种方案则是撇开云南大学，将云南工业大学并入昆明理工大学，将云大和昆工打造为云南版本的双子星高校。昆工和云南工业大学作为云南的工科高校，专业性质相近，合并后云南方面即不需要重复建设。
