一般而言，学校的论文查重系统是可以辨认脚注，作为参考材料，不介入校验，也不会标红，假如系统在校验文档时出错，就会把脚注算到正文中，就会参与校验，经常出现在提交pdf格式的校验论论文中，所以建议提交doc,docx,txt格式的文档，而pdf格式校验错误会导致检测结果不准确，而且，系统无法识别wps格式的文档。
论文PDF脚注红除了上述说的解决方法外，还有可以避免脚注出现的方法，将参考相关文献写在自己的论文的最后，这样的系统进行分析，脚注就不会放在正文构成部分进行检测。
为了避免类似的问题，很多同学在第一次使用系统的时候都会失败，所以需要告诉用户上传pdf格式时可能出现的错误。pdf格式不稳定，容易乱，需要用户重新确认，重新上传文档。这个过程相当于确认内容。
研究生学位论文检测VIP5.3/TMLC2系统支持pdf检测，但期刊检测系统和小分解系统不支持上传pdf格式，对职称论文检测用户，建议pdf格式文档转换为word或txt格式。
简单来说，知网检测系统支持多种类型的论文，优先的论文格式是word论文，分析不会出错，检测结果的正确性高，如果学校没有硬性要求，建议上传word格式来检测重复率。
