唐永泰元年（765年）黄鹤楼已具规模，然而兵火频繁，黄鹤楼屡建屡废，仅在明清两代，就被毁7次，重建和维修了10次。有“国运昌则楼运盛”之说。最后一座建于同治七年（1868年），毁于光绪十年（1884年）。遗址上只剩下清代黄鹤楼毁灭后唯一遗留下来的一个黄鹤楼铜铸楼顶。
黄鹤楼从北宋至20世纪50年代，还曾作为道教的名山圣地，是吕洞宾传道、修行、教化的道场。《道藏·历世真仙体道通鉴》言：“吕祖以五月二十日登黄鹤楼，午刻升天而去。故留成仙圣迹。”《全真晚坛课功经》中称其黄鹤楼头留圣迹。
1957年建武汉长江大桥武昌引桥时，占用了黄鹤楼旧址，1981年重建黄鹤楼时，选址在距旧址约1000米的蛇山峰岭上。
1981年10月，重修工程破土开工，1985年6月落成，主楼以清同治楼为蓝本，但更高大雄伟。
黄鹤楼为何以“黄鹤”为名，一说是原楼建在黄鹄矶上，后人念“鹄”为“鹤”，以讹传讹，口口相证遂成事实。一说便是带有神异色彩的“仙人黄鹤”传说。魏晋南北朝时期，盛行神仙之说，有关黄鹤楼的仙话也在专谈“怪力乱神”志怪小说发展的背景下形成。
跨鹤之仙的传说，最早出现在南朝科学家祖冲之的笔下。他的《述异记》中的“驾鹤之宾”，后被鲁迅辑录在《古小说钩沉》里：还有黄鹤楼原址在湖北武昌蛇山黄鹤矶头，据传说，此地原为辛氏开设的酒店，一道士为了感谢她千杯之恩，临行前在壁上画了一只鹤，告之它能下来起舞助兴。从此宾客盈门，生意兴隆。过了十年，道士复来，取笛吹奏，道士跨上黄鹤直上云天。辛氏为纪念这位帮她致富的仙翁，便在其地起楼，取名“黄鹤楼”。
《江夏县志》所引的《报应录》也有同样的说法。据它所说，从前有位姓辛的人，卖酒为业。有一天，来了一位身材魁伟，但衣着褴褛的客人，神色从容地问辛氏：“可以给我一杯酒喝吗？”辛氏不因对方衣着褴褛而有所怠慢，急忙盛了一大杯酒奉上。
如此过了半年，辛氏并不因为这位客人付不出酒钱而显露厌倦的神色，依然每天请这位客人喝酒。有一天客人告诉辛氏说：“我欠了你很多酒钱，没有办法还你。”于是从篮子里拿出橘子皮，画了一只鹤在墙上，因为橘皮是黄色的，所画鹤也呈黄色。座中人只要拍手歌唱，墙上的黄鹤便会随着歌声，合着节拍，蹁跹起舞，酒店里的客人看到这种奇妙的事都付钱观赏。
