林肯大惊失色，连忙返回地下城，带上乔丹逃跑，基地也跟踪抓捕他们。林肯和乔丹在逃跑中见到了克隆人培养车间，大批的克隆人安静地躺在在这里接受营养，慢慢长大。
林肯和乔丹经过重重困难，最终还是逃出了地下城，来到地面。发现这里非常荒凉，但是根本没有污染，这一切都是谎言。
二人首先找到了地下城技术员，技术员告诉了他们真相。地下城的人员其实都是克隆人，他们的本体花钱委托城主来克隆自己，相当于是给自己买的保险，这样可以随时更换自己的器官。最开始的克隆人是植物人，但是这种人的器官移植效果很差，因此，地下城对克隆人进行了升级，他们被灌输了记忆，像正常人一样生活。
二人得知真相，决定去找林肯的本体，希望本体能解决这个问题。此时地下城的私军和国家的军队都盯上了他们，开始抓捕他们。因为克隆人一旦出逃，会带来严重社会问题。两人再次经历重重危险，在主角光环加持下，成功出逃，并找到了本体。但是本体私心很重，偷偷给城主打电话来抓捕林肯。
当地下城军队再次*到时候，林肯机智的将身份辨别手环置于本体身上，这样，本体被*死。
