如此一来，清政府再也没有任何希望，只能派出李鸿章去日本亲自调停。
李鸿章不想去，但必须去。日本人如此费尽心思挑起战争，无非就是要赔款、要割地，而且，必定狮子大开口，谁去谈判，谁必然成为“卖国贼”，因此，满朝文武大臣各个向后退。
那年3月19日，李鸿章带领一众参议、参赞到达日本，开始进行谈判。也正是这次谈判，让李鸿章真正警醒，有了对日本的深刻认识。
谈判一开始，日本人果然处处刁难，不断抬升谈判价码，不仅要求占领天津、山海关等地，而且还要求清朝军队解除武装，承担日本军费。
这样的条件如一记记响亮耳光抽在李鸿章脸上，更抽在清政府脸上。李鸿章再软弱也断不敢答应日本人这样无理的条件，于是他提出暂停谈判，向清政府进行请示。
李鸿章通过电报紧急向清政府报告日本人的条件，果不其然，光绪皇帝接到电报后，勃然大怒，可此时光绪做不了主，依然需要请示慈禧太后，没想到慈禧太后直接来了个默不作声。
无奈之下，李鸿章只能一点点试探日本人的底线。一开始拒绝了日本人的无理要求，采用拖延战术，能多拖一天是一天。
然而，日本人为了逼李鸿章就范，竟然自导自演了一出“刺*”的戏码。那天，李鸿章刚刚从谈判地点出来，突然遭遇了枪击刺*。
那颗子弹没有打中李鸿章要害，只在他左颧位置造成了轻伤，即便这样，李鸿章还是血流满面。
在刺*事件后，日本人表面上快速处决了凶手，还妥善安排李鸿章疗伤。可谈判条件丝毫没有让步，反而进一步向李鸿章施压。
果不其然，李鸿章和清政府终于把持不住了，在光绪皇帝做出“原冀争得一分有一分之益，如竟无可商改，即尊前旨与之定约”的指示后，同年4月17日，李鸿章被迫和日本人签订了《马关条约》，向日本割让辽东半岛，台湾岛及澎湖列岛，赔偿日本军费2亿两。
马关条约的签订，以血的教训和大片国土被割让的结果，宣告他“以夷制夷” 方针的全面失败，这次终于让李鸿章彻底从往日对日本的幻想中清醒过来。
因此，在签订《马关条约》后，李鸿章曾咬牙切齿的说过一句话：若想中国没后患，必要先灭其国。这里的其国自然就是指日本。
可李鸿章的觉醒实在太晚了，不仅让北洋水师全军覆没，而且赔款割地，让大清朝颜面扫地。
很快，李鸿章开始成了全国人口中的“贼臣”“走狗”。
梁启超痛心疾首大骂李鸿章，“所以失败之故, 其自取也！”直言批判她始终对日本抱有幻想，面对无耻敲诈一味忍让。
辽东人民闻听马关条约签订的消息，很多人失声痛哭，“愤不欲生”，台湾人民集体发布讨伐李鸿章的檄文，称他“无廉耻，卖国固位，得罪于天地祖宗。”
李鸿章虽然在日本挨了一枪，但自知无颜见人，回到国内连朝廷都没有去，直接躲在家中避风头。
李鸿章的功过争议《马关条约》的签订开了一个非常不好的先例，让西方列强充分见识了清政府的软弱无能。5年后，也就是1900年，八国联军直接发起了分割中国的联合侵略战争，并迫使清政府签订了丧权辱国的《辛丑条约》，这其中就包括狼子野心的日本。
一再尝到甜头的日本从那之后，野心膨胀，索取无度。先是在1904年发动日俄战争，1931年，开始全面发动侵华战争。
这一切，无一不是《马关条约》的所带来的后遗症。
可即便如此，李鸿章和晚清政府依旧没有完全清醒过来，对日本的幻想破灭后，竟然又开始抱沙俄的大腿。
李鸿章想到的是，日本人的野心同样威胁沙俄利益，因此幻想着借助沙俄力量来制约日本不断膨胀的野心。
