1996年学校成为全国第六批博士学位授权单位，成功申报“军用光学”博士点。1998年9月16日建校40周年之际，刘华清、邹家华、钱学森、朱光亚等领导为学校题词。1999年1月学校被划转为以吉林省管理为主，并与国防科工委共建。同年10月，学校研制的第三代主战坦克激光敌我识别与辅助通信系统在国庆50周年阅兵式上受到国务院、中央军委通令嘉奖。
2000年长春建筑材料工业学校并入。2002年1月学校与中国人民解放军空军签订依托培养军队干部协议，开始招收国防生。2002年4月4日经教育部批准，学校更名为长春理工大学，王大珩院士亲笔题写了校名。同年，成功申报“光学工程”国家重点学科。2004年学校被确定为吉林省省属重点大学。
从2005年起截止到2023年初，在过去的近20年时间里，长春理工大学取得了飞速的发展，例如成立国防科学技术学院、代管代建国家级光学科技馆长春中国光学科学技术馆、成立人工智能学院等等国家高科技尖端技术领域都取得了长足的进步。同时，在校企合作方面，学校与华为技术有限公司共建华为网络技术学院并签署战略合作协议，与科大讯飞股份有限公司签署战略合作协议等等足以说明长春理工大学其在高科技尖端技术领域都有着非凡的实力和骄人的成就。
除此之外，长春理工大学先后入选“国家大学生文化素质教育基地”、国家“特色重点学科项目”、 教育部“国家级大学生创新创业训练计划”等项目院校。被教育部评为“全国高校毕业生就业工作先进单位”、“全国毕业生就业典型经验高校”等众多荣誉。通过以上的荣誉成就足以说明长春理工大学不仅在高科技技术研发方面有着非常雄厚的实力，在学生教学、就业方面也有着高超的水平。
截至到2022年底，学校总占地面积71.8万平方米（1077亩），建筑面积53.8万平方米；设有20个院系，开设58个本科专业；拥有7个博士后科研流动站、9个博士学位授权一级学科、37个博士学位授权学科（含自主设置二级学科）、1种博士专业学位授权类别、20个硕士学位授权一级学科、101个硕士学位授权学科（含自主设置二级学科）、11种硕士专业学位授权类别。
学校有教职工2191人，其中专任教师1277人、博士生导师287人、正高职260人、副高职657人，在学校教职工中有中国工程院院士1人、双聘院士7人以及众多国家优秀教学科研人才；各类学生总数38630人，其中博士研究生734人、硕士研究生5800人、本科生17492人、留学生137人。
在众多学科中拥有1个一级学科国家重点学科、5个国防特色学科、4个吉林省重中之重学科、16个吉林省特色高水平学科（一流学科A类2个、一流学科B类5个）；3个学科进入ESI全球前1%。2017年12月28日，教育部学位与研究生教育发展中心公布的全国第四轮学科评估结果显示，学校光学工程学科进入A类，4个学科进入B类，8个学科进入C类。
全国第四轮学科评估结果具体明细，A-类学科1个：光学工程；B类学科3个：机械工程、仪器科学与技术、计算机科学与技术；B-类学科1个：物理学；C 类学科3个：材料科学与工程、电子科学与技术、信息与通信工程；C类学科2个：马克思主义理论、软件工程；C-类学科3个：化学、控制科学与工程、生物医学工程。
