哈利在家里过暑假，当然是在他唯一的血脉亲戚——德思礼姨妈家里。德思礼一家仍然对魔法相关的所有事情“敬而远之”。哈利刚一到家，弗农姨父就把他的咒语书、魔杖、长袍、坩埚和最先进的飞天扫帚的光轮2000锁进了楼梯下那又小又暗的储物间里。
在哈利生日那天，德思礼家里在准备着一件大事，当然这件事跟哈利没有任何关系，甚至不允许他出现。弗农姨父要组织一个晚宴，来招待一个有钱的建筑商和他的妻子，以说服他们能订他一大笔货。晚宴的所有流程在继续排练中，
哈利对德思礼家里的安排倒没有特别的感觉。但他最好的朋友罗恩·韦斯莱和赫敏·格兰杰竟然整个暑假都没有给他写信，也没有邀请他做客，甚至在他生日当天没有贺卡，没有礼物，他分外觉得悲伤和孤独（拥有过失去尤其觉得失望）。
德思礼的客人进门后，哈利回到了自己的房间。然后，他发现房间的床上多了一只小怪物，它长着两只蝙蝠似的大耳朵，一对突出的绿眼睛，这是多比这个家养小精灵第一次出现。
多比是来警告哈利，不能回霍格沃茨。而且，哈利才知道，他之所以在整个暑假没有收到赫敏、罗恩任何消息，就是因为那厚厚的一沓信被多比截流了。
为了阻止哈利返回霍格沃茨魔法学校，多比开始“搞破坏”，客厅里，佩妮姨妈的杰作布丁、堆得高高的奶油和撒了糖霜的堇菜，正飘浮在天花板下边，然后咣当全部掉地上。更糟糕的是，哈利收到了一封猫头鹰寄来的警告信，因他违反了“未成年的巫师不许在校外使用魔法”规定。
因为这封信，哈利暴露了未成年巫师不能使用魔法的，德思礼姨夫不再害怕他施法，所以哈利又被关禁闭了。时间过了三天，他找不到出去的办法。
陋居生活罗恩寄出十二封信都没有收到回信，在得知哈利因为违规并警告，实在担心就专程来看哈利了。韦斯莱兄弟几个开着一辆会飞的车子来接他了，把他接去了陋居。在这里，哈利第一次感受到了家庭的温暖。
哈利在陋居的日子过的相当开心，韦斯莱一家人都十分喜爱他，并且这是一个历史悠久的巫师家庭，哈利也得知和体验了很多魔法世界里的“常识”，比如飞路粉，O.W.L.。然后，他们跟赫敏一起，约定结伴去对角巷去买上学要用的书籍。
可是，第一次使用飞路粉的哈利出了点儿岔子，原该去对角巷的他被送去到翻倒巷。在这里他遇到了马尔福和他的父亲。幸好，后面遇到了海格才顺利出来。在丽痕书店遇到了很有名的吉德罗·洛哈特在开签名出售自传的会，这是一个很喜欢出风头的老师，也是下一年哈利的黑魔法防御术课的老师。他很喜欢哈利，并十分积极要跟哈利合影。
飞车去学校暑假结束了，等到开学的那一天，大家一起慌张赶去国王车站坐火车去魔法学校。可是，落在最后的哈利和罗恩在最后一分钟穿越国王十字车站隔墙的时候，两辆手推车撞在隔墙上弹了回来。罗恩的箱子重重地砸到地上，哈利被撞倒了；海德薇的笼子弹到了光亮的地板上，滚到一边；海德薇愤怒地尖叫着。他们俩“灵光一闪”决定开那辆飞车去学校。
他们“顺利”到达了学校，如果不算刹车坏掉，并被打人柳重击的话。可是他们俩开车被曝光在“麻瓜”世界，被引起关注。于是，哈利和罗恩被关禁闭了，惩罚分别是帮洛哈特教授给他的崇拜者回信和帮费尔奇先生擦奖品陈列室里的银器。当然，男孩子觉得”开着会飞的车子撞在打人柳“的方式很了不起，会被议论很多年，但赫敏对此很生气。
密室二年级学生所有的课程都升级了。第一门是草药课，斯普劳特教授第一次带着学生第三温室里的植物，任务是给一种叫曼德拉的草换盆。曼德拉草是多数解药的配料之一，但它也很危险，听到曼德拉草的哭声会使人丧命。就这样，大家带着耳套，手忙脚乱的完成曼德拉草换盆。
罗恩的魔杖出了点儿问题，迟迟没有得到修复。由于之前的吼叫信的缘故，罗恩也不敢写信回家再要一根。
马尔福靠着爸爸的“赞助”进入斯莱特林队魁地奇队，成为一个新找球手。但他口出狂言，骂赫敏是“泥巴种”。罗恩很生气，向他施法，但由于魔杖的故障导致他自己被反噬，开始狂吐鼻涕虫。
哈利开始听到一个令人毛骨悚然、呼吸停止、冰冷恶毒的说话声。彷佛只有他一个人能听到。
韦斯莱家最小的妹妹、刚刚入学的金妮·韦斯莱一直病恹恹。
哈利又听到了那个神秘的声音，在三楼的过道上，墙壁上写着“密室已经被打开，与继承人为敌者，警惕”的字迹，地上有一大片水，管理员费尔奇的那只猫被僵硬地倒挂在那里。那只猫没有死，是被石化了。费尔奇怀疑是哈利搞的鬼。
在课堂上，宾斯教授讲起了密室。
霍格沃茨学校是一千多年前创办的——具体日期不太确定——创办者是当时最伟大的四个巫师。四个学院就是以他们的名字命名的：戈德里克·格兰芬多，赫尔加·赫奇帕奇，罗伊纳·拉文克劳和萨拉查·斯莱特林。他们共同建造了这座城堡，远离麻瓜们窥视的目光，因为在当时那个年代，老百姓们害怕魔法，巫师遭到了很多迫害。
开头几年，几个创办者一起和谐地工作，四处寻找显露出魔法苗头的年轻人，把他们带到城堡里好好培养。可是，慢慢地他们之间就有了分歧。斯莱特林和其他人之间的裂痕越来越大。斯莱特林希望霍格沃茨招收学生时更挑剔一些。他认为魔法教育只应局限于纯巫师家庭。他不愿意接收麻瓜生的孩子，认为他们是靠不住的。过了一些日子，斯莱特林和格兰芬多因为这个问题发生了一场激烈的争吵，然后斯莱特林便离开了学校。
以上是可靠的历史资料。
但是，关于密室还存在一些古怪传说。那个故事说，斯莱特林在城堡里建了一个秘密的房间，其他创办者对此一无所知。
根据这个传说的说法，斯莱特林封闭了密室，这样便没有人能够打开它，直到他真正的继承人来到学校。只有那个继承人能够开启密室，把里面的恐怖东西放出来，让它净化学校，清除所有不配学习魔法的人。
复方汤剂与游走球失控三人组认为是斯莱特林学院的学生才是继承者，还掌握着密室的钥匙。可是，作为格兰芬多的学生怎么才能进入斯莱特林的公共休息室，向马尔福问几个问题，同时也不能让他认出他们呢？赫敏找到办法，也就是复方汤剂。
魁地奇比赛又开始了，可是游走球不知什么原因失控了。那只游走球好像被磁力吸引在哈利周围一样，又一次追着他飞来，哈利只好拼命加快速度逃走。
最后，哈利一边躲避游走球的追赶，一边握住了冰冷的金色飞贼。但由于他现在只用两条腿夹住扫帚，便径直朝地面坠落下去，摔断了胳膊。当然虽然哈利住院了，但他帮助格兰芬多赢得了胜利。
哈利住院的那天晚上，才得知这一切又是多比搞鬼。他们不能穿越国王车站，以及游走球的失控都是多比搞的鬼，是为了让哈利·波特不能留在霍格沃茨学校。因为历史即将重演，密室又一次被打开。多比仿佛知道很多细节，但他不能说。
复方汤剂的效果很好，但哈利和罗恩除了从马尔福那边听到了对韦斯莱家里的嘲笑，并没有得到想要的结果。
被石化的学生当天晚上，科林·克里维被石化了，这是一个哈利·波特的忠诚追随者的一年级新生。
贾斯廷·芬列里和差点没头的尼克也石化了。
贾斯廷和差点没头的尼克双双遭到袭击，这使整个霍格沃茨学校里的氛围变得真正恐慌起来。正值圣诞节假期，大家都回家了。因而，哈利三个人决定就趁着大家都不在的时候，去使用复方汤剂去问马尔福。
日记本哈利在盥洗室发现了一本破破烂烂的黑色封皮的书，第一页写有T.M.里德尔的名字，除此之外，其他页面都是空白的。罗恩对日记本不感兴趣，但哈利隐约觉得它很重要，并留下来日记。
哈利、罗恩和赫敏一起讨论的时候，找到了一个共同点，密室是五十年前被打开的，这本日记本也是五十年前的。
日记告诉了哈利关于密室的事情。在汤姆上五年级时，密室被打开了，怪兽攻击了几个学生，最后还弄死了一个。我抓住了那个打开密室的人，他被开除了。但是校长迪佩特教授因为霍格沃茨出了这样的事而感到丢脸，不许我说出真相。他们向外面宣布说，那个姑娘死于一次古怪的事故。他们给了我一块金光闪闪的刻着字的漂亮奖牌，奖励我的辛劳，并警告我不许乱说。但我知道这种事还会发生。怪兽还活着，而那个有能力释放它的人并没有被关起来。汤姆引导哈利认为，这个人是海格，而那个怪兽是巨蜘蛛。
还没等哈利跟日记问更多的事情，日记本丢了。
密室的秘密逐渐揭开这一天，哈利和罗恩、赫敏一起离开礼堂，去往魁地奇比赛的时候，赫敏似乎明白了什么，急忙跑去图书馆。
魁地奇比赛取消了，又有人石化了，而石化的人是赫敏。
学校里采取了有些措施，要求学生除了上课都必须留在各自学院的公共休息室里。但哈利和罗恩利用隐形衣在一个深夜去了海格那里。在那里，他们遇到魔法部部长康奈利·福吉要把海格送去阿兹卡班，邓布利多被暂时停职。
海格离开前对哈利提出了蜘蛛的暗示，哈利和罗恩跟着蜘蛛的足迹进入了禁林，并遇到了超大的蜘蛛阿拉戈克。阿拉戈克告诉他们，城堡里的生物是一种蜘蛛最害怕的古代生物。然后，他们被蜘蛛群攻击，最后是他们那辆会飞的车子救了他们。
一路的推测都失败，让他们格外受挫，然后哈利灵光一闪，阿拉戈克说那个死去的姑娘是在盥洗室里被发现的，难道是哭泣的桃金娘？
哈利去看赫敏的时候，发现她手心里的纸条，纸条是一本很旧的图书馆藏书上撕下来的一页纸，上面记载了蛇怪或蛇王，最离奇、最具有*伤力，瞪视也能致人死亡。纸张上赫敏写了一个字：管子。
结合种种信息，哈利和罗恩终于推测出，密室的入口就在哭泣的桃金娘的盥洗室。
他们还没来得及去验证密室入口，就又出事了。韦斯莱家最小的妹妹金妮被怪兽掳走了，直接带进了密室。
于是，他们决定闯入密室救人。打开密室入口后，威胁洛哈特一起进入密室。洛哈特被自己施咒反弹遗忘了所有，而罗恩被落下的石头困住，只有哈利一个人进入了密室的深处。
哈利在密室深处发现了昏迷的金妮和虚化漂浮的汤姆·里德尔。里德尔说他是日记里保存了五十年的一段记忆。里德尔说，这一切都是金妮做的，她被日记本蛊惑，打开了密室，掐死了学校里的公鸡，并在墙上涂抹了那些吓人的文字；放出斯莱特林的蛇怪，袭击了四个泥巴种，还有那个哑炮的瘦猫。
后来，金妮起了疑心，把日记本丢掉。但日记本被哈利捡到了，为了获取哈利的信任，里德尔决定让哈利亲眼目睹我抓住海格那个大蠢货的著名壮举。可是，他的打算落了空，金妮知道了日记本被哈利捡了之后，为防止哈利受到伤害，就去偷走了。
哈利终于得知汤姆·马沃罗·里德尔，就是伏地魔。所以里德尔的目标变成了哈利。就在哈利搏斗的时候，邓布利多的那只凤凰福克斯从天而降，带来了分院帽。后面就是哈利与蛇怪的搏斗，并从分院帽中抽出格兰芬多之剑，斩*了蛇怪，并使用蛇怪的牙齿毁灭了那本日记本。作为一段记忆的里德尔也一起消失了。
福克斯的眼泪治愈了他们。哈利又一次帮着解决了密室的问题并*死了蛇怪。
后来，哈利还给了多比自由。就这样，他们迎来了二年级的暑假。
