恐龙并未完全灭绝，还有一部分仍然与我们生活在一起早在侏罗纪就有一部分恐龙飞上了蓝天，身体结构发生了显著的变化，躲过了大灭绝，它们就是今天的各种鸟，鸟类是恐龙的直系后代，这里就会有一个误区，那就是将鸟类做为翼龙的直系后代，因为按照我们惯性思维来看，要说鸟是恐龙的直系后裔，那肯定会认为，同样会飞的翼龙是鸟类的祖先了，这里暂且不纠结翼龙是否为鸟类的祖先，还是爬行的恐龙是祖先，有个更需要清楚的一点，那就是尽管与恐龙生存的时代相同，但翼龙并不是恐龙，因此以前的恐龙，得加一个前缀为非鸟类恐龙，翼龙和恐龙算是近亲，他们同属于主龙类，鸟颈类主龙，不同的是翼龙属于翼龙目，恐龙有两个目，蜥臀目和鸟臀目，鸟类起源于白垩纪的蜥臀目，和其他恐龙和翼龙一起度过了白垩纪侏罗纪，在明白翼龙与恐龙的关系之后，我们就可以继续探讨谁才是鸟类祖先的问题。
谈到鸟类与恐龙的关系，不得不提到初龙类，初龙类最早出现在三叠纪早期，初龙类四肢垂直于躯干，这意味着初龙类不再是腹部贴地爬行，初龙类进化出次生颚，次生颚的分割，使得该物种具有鼻腔和口腔，可以一边进食一边呼吸，初龙类具有两心房两心室，更强壮的心脏和较高的新成代谢，使得初龙类有更强的运动能力，甚至具备温血的能力，初龙类还有一个特别的能力，该物种呼吸时气体通过肺部单向循环，不像哺乳动物那样气体通过小液囊进出，气体从气管进入通过肺部到达尾部，然后又通过气管从鼻孔排出，这种机能使初龙类，类比哺乳动物在需要的时候，通过肺部吸收更多的氧气，由于具备进化上的优势，早期初龙类很快脱颖而出，繁荣起来，演化出两个分支，镶嵌踝类初龙类和鸟颈初龙类，即恐龙和翼龙的祖先。
这样问题就来了，鸟类是初龙类的后代基本没有异议，主要分歧在于，鸟类起源于镶嵌踝类初龙，还是鸟颈初龙类，很显然在我们看来，翼龙是鸟的祖先可能性更大一些，然而在翼龙繁荣的侏罗纪时期，就已经有鸟类的身影，只是那是天空由翼龙统治，这些鸟类并未能站稳脚跟，但这也不足以说明鸟类和翼龙之间没有关系，它还是可能与翼龙有血亲关系，这就得从翼龙的进化历程来寻找答案了。
翼龙的进化过程与众不同，在其1.6亿年的生命史中，它们变得越来越特化，翼龙是地球史上最早的飞翔动物，它的出现早于鸟类5000万年，翼龙非常擅长飞翔，然而令人惊奇的是，直到鸟类出现，翼龙才开始它们真正的进化过程，根据大量化石研究表明，翼龙在诞生前一亿年中，并未有种类进化的迹象，反而是鸟类的出现，促使了它们开始进化，这就证明在鸟类未出现之前，翼龙没有别的种类分支，鸟类就不可能由翼龙进化而来，所以鸟类的祖先只能在地上的爬行动物之中产生。
