其二便是宝可梦改版与正版在“精灵收录”方面的区别。众所周知，每个时代的宝可梦本体精灵收录都只有百十只而已，其他世代下的宝可梦想要出现在游戏中，只能通过“通信交换”等方式进行传输。再者部分宝可梦的进化方式也比较特殊，需要“通信进化”的宝可梦像是“耿鬼”、“胡地”、“怪力”等等，在单机玩家手里只能忍心放弃。
而宝可梦改版游戏最常用的套路，就是想尽一切办法扩充图鉴，将历代宝可梦一股脑塞进游戏当中。当然也包括各个时代的神兽，一般都会采用定点捕捉的方式，将这些神兽放置在专门设置好的区域。不过也正是因为改版的宝可梦数量众多，导致有选择困难症的玩家在组队时格外“痛苦”，从数百只宝可梦中选择6只实在是太难了……
剧情方面，宝可梦改版游戏一般都加入了作者原创的剧本，或者选择漫画、剧场版中的一些桥段来致敬宝可梦。剧本设计本来就是一门学问，参差不齐的质量也会影响游戏整体上的体验。在这方面，《口袋妖怪：永恒之炎》、《口袋妖怪：漆黑的魅影》都是改版游戏中的佼佼者。
说到宝可梦系列的对战难度，正统宝可梦在单机流程中向来不会对玩家发难。全年龄定位的游戏IP使得玩家可以很轻松通关单周目，不需要考虑配招和种族值等隐藏要素。喜欢钻研对战的玩家，只有在联机游戏中找到宝可梦比赛的快感。
