《三国志3》中每个城市都有人口、兵员、黄金、粮食、民心、税率、开发、耕作、治水、灌溉、商业等数值，并在此基础上设计了八大类内容丰富的指令，用简单易懂的形式让玩家体验到管理国家、人士招募、带兵打仗等乐趣，最终实现统一全国的目标。
军事类指令包括城市之间转移人员物资、用武力或黄金召集兵员、提升军队战力和士气、武将带兵编成、建造船只、发动战争等；人事类指令包括搜索和登用在野武将、任命和解雇现役武将、授予和没收武将宝物、委任武将自动管理、向城内民众发粮等；外交类指令包括结盟共同作战、请求援助或交换、劝降停战等；情报类指令包括查看各城市以及武将资料，还可以将自己的武将派往别城以获取更详细的信息；开发类指令包括安排武将和黄金提升城市的各项数值，以便在每年1月和7月获取更多的黄金和粮食；计略类指令包括埋伏本国武将到敌国作内应、离间敌方武将与君主的关系等；商人类指令包括卖出粮食获得黄金、用黄金购买粮食和弩、强弩、军马等物资；特别类指令包括调整税率、临时征收、下野流浪等。
《三国志3》创造的这套回合制策略指令，尽管现在来看比较繁琐，但是为整个三国志系列打下了玩法的基础，光荣也不断完善各种指令操作，使得后续每部作品都有令玩家趋之若鹜的特色系统，不再空洞乏味。
另外前两作饱受诟病的战斗画面和操作，本作也有了明显改善，不再是粗糙的方块移动，而是采用了当时流行的45度视角战棋形式，步兵、弩兵、骑兵、战舰以直观的形式展现，同时区分出了*和攻城战，每块战场和城池的地形都不相同，攻城时玩家需要先击破城门，才能直捣黄龙消灭敌方主将，利用弩兵远射放火等技巧也让战斗策略更丰富，玩家每场战斗都有玩战棋关卡的感觉，地形特点运用得当，以弱胜强也有了可能。
随着硬件机能和媒介容量在16位机时代有了明显提升，本作的画面音乐表现也上了一个台阶，各种场景色彩更丰富，人物头像和战斗单位更清晰，指令实行还有插画提示。游戏的BGM仍然由《三国志2》作曲者向谷实负责，各种环境下的背景音乐张驰有度，即使放在MD卡带以MIDI形式展现仍然有不俗的表现。
游戏中的委任操作使得各城市可以自动发展，玩家可以把精力集中在前线战场，统一的进程也大幅加快，笔者当时玩的MD版，价格低廉加上有中文版，成了当时最爱玩的游戏之一，由于组装卡电池存储经常丢记录，所以练就了连玩几小时不存储通关的技巧，实在是难忘的回忆。笔者还有幸体验过豪华的Mega-CD版，全部22首CD音质的BGM，配合不会丢记录的专用存储卡，当年羡慕了好久。
