关于淮阳太昊陵的来历，流传着这样一个传说。
相传春秋时候，古蔡河经常泛滥成灾，一到汛期，河两岸每每成为泽国，这下可苦了古蔡河两岸的老百姓了，于是人们只好烧香许愿，祷告老天爷保佑平安。
这一年，正值汛期的古蔡河又涨水了。看到越来越高的河水水位，人们纷纷拿着祭品来到河岸边祷告平安。忽然间，有人大喊：“大家快看看，这是个啥？”大家便围拢过去看。原来那人在河里打鱼，一网下去，鱼没打着，却网到一个头骨出来。细瞧这个头骨，非马非牛，看着像是人头吧，头顶却有两只长角出来，大家面面相觑，皆一脸困惑。这时人群中有个白胡子老汉，大家请他辨认，只见他摇了摇头，捋着白胡子说：“惭愧，我比你们多吃了几年饭，也认不出这是啥头骨。听说孔夫子正在咱们这儿讲学，他学问大，咱们不妨去问问他吧。”
见到孔子，众人说明来意，请孔子辨认。孔子仔细端详一番后，双眉舒展，面露喜色，急忙把头骨恭恭敬敬地放到祭桌上，整理衣帽齐正后，便双膝跪地，连连磕头而拜。
众人不解，近前问到：“请问孔圣人，你这是为何？”孔夫子答到：“你们原来有所不知，这是人祖爷太昊伏羲的头骨啊！”众人问：“何以见得？”孔子站起身回答到：“太昊伏羲风姓，人头龙身，头生双角，天下帝皇，这正是人祖爷的头骨啊！”众人见孔子这么说，纷纷下跪给人祖爷磕头。
孔子立即面见陈王，向陈王进言为人祖爷厚办葬礼，修建陵庙。陈王听从了孔子的建议，传旨征捐派夫，并让孔子相穴风水宝地。
孔子陈王一干人等，把陈城转了个遍。当来到城西北角，往南一看万亩湖水碧波荡漾，往北目视千傾平畴郁郁葱葱，再看古蔡河，就像一条玉带从北边蜿蜒而来然后又东流而去。孔夫子高兴地对陈王道：“此地当年曾落过凤凰，地脉相望，正是为人祖爷筑陵的风水宝地。”陈王觉得孔夫子言之有理，当即就确定了穴位。
民夫们得知是给人祖爷修陵墓，个个干得都非常卖力。大家把墓坑挖好，恭恭敬敬把人祖爷的头骨安葬进去，修好后就成了一个大冢子坟，又在坟前建了一座庙，在庙里塑了人祖爷的泥胎。从此以后，四面八方的人们就经常来这里给人祖爷烧香上供，祈求人祖爷祛灾消禍，永保平安。
元朝末年，朱元璋起兵反元，兵败被元军追赶，他匆忙逃跑。当他逃至太昊陵墓时，看到这里树木葱郁，正好藏身。他跑到伏羲庙里藏了起来。说来也很神秘，朱元璋藏到庙里后，蜘蛛很快就在庙门口结满了蛛网。追赶的元军见此情形，认为人祖庙满是蛛网灰尘，不会有人遁迹于此，于是就没有进庙搜查。
朱元璋得救后，认为是人祖爷保佑了他。他当了皇帝后，派人对太昊陵专门作出规划，并拨出专款，仿照南京金陵扩建人祖爷伏羲庙。据说，当时扩建后的太昊伏羲陵规模非常庞大，占地足足达到了方圆八百七十五亩，它就是我们今天见到的淮阳太昊陵了。
