夜翼四人赶来后只发现了蝙蝠侠的遗骸，在视频的后半段我们得知在戈登局长死后警局就再也没有相信过他们，钟楼则被蝙蝠侠作为行动基地留给众人。当然，基地里面还存放着蝙蝠侠的所有文件，以及一部分已经过时的装备。随后众人参加了布鲁斯韦恩的葬礼，葬礼过后四人讨论决定从蝙蝠侠生前的最后案件开始调查，游戏也在主角团四选一后正式开始。
随着剧情的不断深入“小丑女”哈莉奎因会发来一段视频，视频中小丑女表示自己拿到了蝙蝠侠的死因，想要的话就来黑门监狱。当小丑女的主线剧情推进完毕后，有关哈莉奎因的故事还将作为支线继续存在于游戏中。
除了小丑女，企鹅人、急冻人等反派也会出现在游戏中，猫头鹰法庭将会持续出现在本作的主线剧情。
说完了剧情我们再来介绍下这次的主角们和反派。夜翼本名迪克格雷森初代罗宾，原本是马戏团杂技演员，因父母被*成为孤儿被蝙蝠侠收养。罗宾原名蒂姆德雷克，第三代罗宾即红罗宾，蝙蝠家族的重要成员之一。蝙蝠女孩本名芭芭拉戈登，哥谭市警察局长詹姆斯·戈登的女儿，被蝙蝠侠激励走上了打击犯罪的道路。红头罩本名杰森托德，原本是二代罗宾因不满蝙蝠侠不*小丑的做法自称红头罩，叛离了蝙蝠侠不*的原则。而开场CG中与蝙蝠侠一同死亡的拉斯·艾尔·古尔则是刺客联盟的首领忍者大师。
