尼罗河由此向西北绕成S形，经过三个瀑布后注入纳赛尔水库。河流出水库经埃及首都开罗进入尼罗河三角洲后，分为多条支流，最终流入地中海东端。白尼罗河由于地形极其平坦，水流非常缓慢；同时，在低纬度干旱地区的阳光照射下，河水蒸发强烈，耗水量巨大，能流向下游的水少之又少。
尼罗河流域分为7个大区：东非湖区高原、山岳河流区、白尼罗河区、青尼罗河区、阿特巴拉河区、喀土穆以北尼罗河区和尼罗河三角洲。
上游段
苏丹的尼穆莱（Nimule）以上为上游河段，长1730公里，自上而下分别称为卡盖拉河、维多利亚尼罗(Victoria Nile)河和艾伯特尼罗(Albert Nile)河。
中游段
从尼穆莱至喀土穆为尼罗河中游，长1930公里，称为白尼罗河，其中马拉卡勒以上又称杰贝勒河，最大的支流青尼罗河在喀土穆下游汇入。
下游段
白尼罗河和青尼罗河汇合后称为尼罗河，属下游河段，长约3000公里。尼罗河穿过撒哈拉沙漠，在开罗以北进入河口三角洲，在三角洲上分成东、西两支注入地中海。
尼罗河主要支流有阿丘瓦河、加扎勒河、索巴特河、青尼罗河和阿特巴拉河等。
