2001年，在中国加入WTO那一年，美国的柑橘在大连上市了，加州虎视眈眈想把它的新奇士脐橙卖到中国来。但在当时，我国的柑橘产业面临着很多问题：总产量比较小、没有形成商品化的生产基地、供应链上还有短板等等一旦加入WTO，中国的柑橘产业就面临着被完全击垮的可能！为了发展柑橘产业抵抗冲击，邓秀新带领团队打响了一场“国产柑橘保卫战”！
这些年来，邓秀新带领团队，让不可能变为现实，使我国脐橙由进口国变成出口国。从国外的品种引进到品种培育，到新栽培模式的创新，到产后处理，再到市场营销，邓秀新团队的研究覆盖了整个产业链，支撑了整个柑橘产业体系。目前，我国柑橘年产量居世界第一，我们的市场稳稳地掌握在了自己手上！
在研究方面，邓秀新在硕士期间攻克“柑橘愈伤组织染色体变异研究”课题，博士期间攻克柑橘原生质体培养及植株再生技术，使我国继以色列和日本之后，成为世界上第三个获得柑橘原生质体再生植株的国家。
为什么现在吃的大部分柑橘都没有籽了？这其中也有邓秀新及其团队的贡献。在邓秀新的主持下，中国首次建立起柑橘原生质体分离、细胞融合、培养及再生技术体系，揭秘了“甜橙基因组”。2007年12月，在出任华中农业大学校长半年后，46岁的邓秀新摘得我国科技领域的荣誉桂冠，成为当时最年轻的两院院士。
