1952年的院系调整，是齐鲁大学的终点站，当时全国所有的私立大学都被拆分了，齐鲁大学自然也不例外。由于齐鲁大学的雄厚实力，所以学校最终被分为7个部分。如今的山东师范大学接受了齐鲁大学理学院的生物物理化学等3个系；药学系并入了南京药学院，如今发展成为211大学中国药科大学；文学院中的天算系归入如今的985大学南京大学；文学院中的其他专业并入了如今的985大学山东大学；经济系并入了如今的山东财经大学；农学专业并入了如今的山东农业大学。
至于盛名之下的齐鲁大学医学院则留在了山东，和当时的山东医学院，华东白求恩医学院，联合组建了新的山东医学院。山东医学院在1983年更名山东医科大学，2000年成为山东大学的一部分，如今山东大学的趵突泉校区就是以前的齐鲁大学本部，学校的历史由如今的山东大学齐鲁医学院继承。
事实上当初山东医科大学合并到山东大学的时候使用的名称是山东大学医学院，直到2012年才成立齐鲁医学部，重新唤醒了“东齐鲁”的品牌。2013年山东轻工业学院，更名齐鲁工业大学，2015年山东淄博的一所民办医学院更名齐鲁医药学院，纷纷打出了齐鲁的品牌。
2017年山东大学为了加强“齐鲁医学”品牌的统一管理和保护，将附属医院纷纷更名为齐鲁系，比如齐鲁第二医院，齐鲁口腔医院，齐鲁生殖医院，山东大学齐鲁医学部也更名山东大学齐鲁医学院。山东大学的齐鲁医学品牌，历经磨难之后终于重见天日！之后拥有齐鲁医学院部分血脉的泰山医学院准备更名齐鲁医科大学，被山东大学拒绝，最后只能无奈更名山东第一医科大学！
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