面对美方强硬态度，中方陷入了两难。即便中方知道，美方的情报子虚乌有，可是，他们遇上的是蛮横无理的美军。如果，坚持强硬态度，不让美方检查，中方也无法保证船上船员的安全，中方不愿意无畏牺牲无辜的百姓。如果，允许美国检查，中方也咽不下这口气。
屈辱的妥协“这个事件，如果我们不处理，窝囊！如果我们处理，让他登船检查，我们窝囊。如果美国检查，到时候没有这个化学武器，美国窝囊。”
这是后来沙祖康采访时说出的一段话。或许，正是这样，中方本就知道船上没有化学武器，那么同意检查又有何不可。与此同时，这更是保证船员安全最好途径。
整体来看，停船检查，对中方而言，或许是最好的处理方式。
因此，经过多天协商，中美双方终于达成一致。中方允许美方检查，但同时，中方也有自己的要求。为了公平公正，也为了防止美国搞小动作，中方提出，让第三方国家参与检查。经过商议，中美一致同意了沙特阿拉伯。
8月28日上午9时20分，中方派出15人，沙方派出7人，美方派出10人，登上了银河号开始检查。
两天的时间，检查尤为仔细，从货单到货物，一一比对，检查完了所有运往伊朗的货箱。包括仔细对染料的检测。可是，结果与中方此前给出的答案没有任何差别。货箱里只有文具、五金、机械零件等普通用品，而检测出的染料也是没有任何问题的。
结果摆在了眼前，按理说，美方应当到此为止了。可是，当中方让其在报告结果上签字时，美方拒绝了。甚至理直气壮地提出，应当对整个货轮上的货物全部检查一遍。
这和美方一开始的要求又不一样了，此前他一口咬定的是运往伊朗的货物中存在化学武器原材料，坚持要查的也是这批货物，可是结果出来，似乎不是他想看到的，竟然当场出尔反尔。
对于美方这种不守信用的行为，中方代表也当场怒了，可是，不查全部货物，美方坚持不签字，事情还是没有办法解决。
中方不愿意再耗下去，为了尽快查出真相，平息此事，中方还是选择了妥协，同意了扩大检查。
于是9月2日到9月4日，三个国家的检查组再次对货轮上剩下的货箱进行逐一检查。毫无疑问，仍然没有找到任何化学武器的原料。在事实面前，美方再没有什么狡辩的言语，终是在最后的报告中签上了字。货轮也终于可以正常行驶，抵达他的目的地。
这艘货轮因为美方的阻挠，延迟了整整一个多月时间。造成了中方一千多万美元的经济损失。同时也让中方供货企业失信于采购方。
而整个事件，更是严重损害了中方在国际上的形象，让中方遭受到了巨大屈辱。
对此，中方给予了强烈谴责，便要求美方作出道歉和赔偿。
