挖掘工作从1955年开始，当时已经是冬天，天气异常的寒冷，当时的明十三陵那可是荒芜一片，周围全是山村，那里的温度一度能达到零下20度。而在郭老的催促下，赵其昌带领探工队，无奈顶着大风雪，开始作业，他们白天挖掘，晚上在附近村庄借宿。
但是，一连挖了三天，越挖越迷茫，毫无进展，朱棣陵墓的入口无法找到。因此，考古队将这一情况上报了委员会，当时仔细分析了情况，认为长陵规模太大，无法找到入口，因此紧急叫停。而委员会并没有放弃，决定先找个小的练练手，当时准备挖朱棣儿子朱高炽的陵墓，正准备开始。
但是，此时，考古队在万历皇帝的定陵却发现了入口。而万历就此倒霉，挖掘工作转向了万历陵墓。虽然挖掘过程中出现很多怪事，但是最为可惜的还是因为技术不过关而造成的文物毁损，十分严重，当时的技术能够保存下来的实在不多。这个惨痛教训也挽救了其他皇陵，此后中央决定，在考古技术没有大的发展前，暂时不允许新挖掘皇帝陵墓，怕造成中华民族文化宝库的损失。
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