主体税种：指那些在一国税制中经济影响最大，收入比重最高的税种，它是税制类型与税制结构的关键所在。
从不同税种的特点来看，能够成为主体税种的主要是商品课税和所得课税。因此，税制结构的选择就是以它们当中的哪个为主。由于商品课税是间接税，所得课税是直接税，所以，理论上一般表述为直接税与间接税的选择问题。
从各国的实践来看，主要有单一主体结构和双主体结构两大类。发达国家一般选择直接税，而发展中国家大都选择间接税。上世纪末以来，各国的税制改革有趋同的迹象，发达国家的间接税比重有所提高，而发展中国家的直接税比重有所提高。
从理论上说，影响税制结构的主要因素可以概括为以下几点：
第一，经济发展水平。经济发展水平决定了一个国家的企业和居民个人的收入水平，从而也就影响政府税收来源的结构。经济发展水平越高，企业利润水平和居民个人收入水平就越高。这时，政府以直接税作为主体税种，就可以保证有充足的收入来源。相反，如果经济发展水平较低，以直接税作为主体税种，就难以满足政府支出的需要。因此，发达的工业化国家，大都选择直接税，特别是个人所得税为主体税种，而在发展中国家，主体税种大多为间接税。即便是少数直接税比重较高的发展中国家，也是以公司所得税而不是个人所得税为主。
第二，税收征管能力。最优课税要求在选择主体税种时，需要考虑的一个重要因素就是征税成本的高低。从理论上说，征税成本的高低主要取决于两个因素：税收征管能力与课税对象。在税种（从而课税对象）既定的前提下，政府征管能力或技术不同，征税成本就不同，这样就如同不同能力的人完成同一个任务费时不同一样；同样，在政府征管能力和技术既定的前提下，不同的主体税种，征税成本也不同。这是因为，一方面，不同的税种，有不同的课税对象，征管机构需要掌握不同的信息，从而有不同的信息收集成本；另一方面，不同的课税对象，纳税人的逃税激励不同，从而要求不同的征管力度。
因此，主体税种的选择，既直接影响征税成本，又间接要求政府具有不同的征管能力。一般说来，直接税的征税成本高于间接税。这是因为，一方面，直接税所需要的信息量大；另一方面，由于它的税负难以转嫁，从而使纳税人的逃税动机更强。因此，直接税要求政府有更强的征管能力。这也是发达国家与发展中国家的税制差异的一个重要原因。
第三，税收政策目标。从税种功能的角度上说，不同的主体税种，其实现的主要政策目标不同。一般说来，直接税是特别是个人所得税主要影响的是收入分配，而间接税主要影响的是资源配置。因此，政府的政策目标不同，需要选择不同的主体税种。
发达国家由于其市场机制相对完善，能较好的配置资源，政府的主要任务是缓解收入分配矛盾；而发展中国家由于其市场机制不够完善，政府还需要更多地弥补市场在资源配置领域的缺陷。这也是导致其税制结构差异的一个重要原因。
