挺拔秀丽的常绿乔木成为庭园造景的中心
针叶类：
红豆杉，榧树、日本花柏类、日本柳杉类、日本扁柏类、柏树类、松树类
阔叶树：
宽叶山月桂、栎树类、光叶石楠、樟树、铁冬青、月桂、山茶、茶梅、荚蒾锥栗树、荷花玉兰、女贞、日本女贞、姬虎皮楠、桂花类、冬青、厚皮香、杨梅、虎皮楠等。
配置植物时，乔木可以种植在大门附近（松树类、柏树类、厚皮香、杨梅等），也可以作为主体树木，/还可以沿着庭园的四周或边界栽种栎树类，荚蒾锥栗树、山茶类，桂花类和虎皮楠等，在瀑布周围种植红豆杉、松树类等。
乔木有时也种植在中部，使庭园整体布局趋向平衡。
日式庭院常绿灌木：
所用树种包括针叶树的刺柏、矮紫衫、铺地柏；
阔叶树的日本桃叶珊瑚、马醉木、钝齿冬青、冬山茶、小叶黄杨、栀子、石楠、杜鹃、厚叶香斑木、瑞香、华南十大功劳、圆柏、杜鹃类、海桐、阔叶十大功劳、大叶黄杨、龟甲冬青、朱砂根、八角金盘等。
庭园配植时，可以种在乔木下面加固树根遮盖露土，或种在石净手盆旁作为衬托物，还可以群植，修剪成假山状。
日式庭院落叶乔木：
梧桐、梅花、安息香、枫树类、连香树、木瓜、麻栎、光叶榉、短柄栎、日本辛夷、樱花类、紫薇、桦树类、白桦、婆罗花、山茱萸、日本紫荆、木槿、玉兰类
日式落叶灌木：
八仙花、锯齿冬青、金雀儿、角八仙花、金丝梅、麻叶绣线菊、日本绣线菊、日本吊钟花、卫矛、胡枝子、垂丝海棠、紫荆、贴梗海棠、芙蓉、金缕梅、三叶杜鹃、紫珠、棣棠、喷雪花、连翘等。
落叶灌木可以配植在乔木树下和树林的空地里，孤植或群植在石净手盆和石灯旁边。
日式庭院竹和其他树木：
竹类很适合日式庭园的氛围。种类多，主要种类有龟甲竹、金明竹、金明毛竹、紫竹、唐竹、女竹、淡竹、人面竹，桂竹、毛竹等。它们可以配植在大门旁，通道边，门厅侧面，主庭的显要位置，中庭，或用来掩饰窗前，作为石灯的衬物等。
此外，栽种的还有菱叶常春藤，日本南无味、圆叶紫草、日本络石、多花紫藤、野木瓜等攀缘植物。
草皮和地被植物种类：
菖兰、虾春兰、万年青、桔梗、波叶玉簪、雀舌花、苔藓类、矮竹类、蕨类、蝴蝶花、白芨、华南十大功劳、日本草、一叶兰、富贵草、朱砂根、紫金牛、百合、麦冬。
花卉种类与配植：
主要有马醉木、玉竹、菖兰、虾春兰、迎春、万年青、海棠、冬山茶、桔梗、菊花、波叶玉簪、日本樱草、芍药、菖蒲、南天竹、胡枝子、阔叶十大功劳、金丝桃、侧金盏花、贴梗海棠、牡丹、天香百合等
考虑光照与水分等条件，一般采用孤植或丛植的配植方法。
别墅庭院布置最受欢迎的十大植物
竹▼
苏东坡云：宁可食无肉，不可居无竹。竹是高雅脱俗的象征，无惧东南西北风，更可以成为家居的风水防护林。
橘树，即桔树▼
