由于滥用劣质化学肥料，导致土壤板结、酸化、盐渍化、土传病害越来越严重，蔬菜死棵现象也频频出现，土壤中残留的病菌也越来越多。一个较好的土壤消毒和改良方法就是施用生石灰给土壤消毒、调节酸碱度、补充钙肥、释放土壤中被固定的营养元素，预防土传病害的发生。
石灰改良土壤、消毒等作用在生产中效果相当明显。某黄瓜种植基地长期不施石灰，pH达4.5左右，严重偏酸，枯萎病、青枯病等土传病害重。亩施石灰150公斤后，黄瓜死棵现象大大减少。石灰改良土壤、消毒等效果好，但如果在实际操作过程中操作不当，不仅不能起到*菌的使用，反而会影响蔬菜的生长。在用生石灰处理土壤是要注意以下几点：
妥善保存给土壤消毒的石灰采用的是生石灰，主要成分是氧化钙，其遇水后能生成氢氧化钙并放出大量的热。许多菜农习惯提前用车拉来放到路旁就不管了，等到用时，大部分的生石灰已经起反应变成氢氧化钙了，失去了效果。因此，要现用现拉或拉来后薄膜盖好，用时再敞开，最好的堆置于仓库里备用。
适宜用量许多菜农只知道生石灰能够*菌，但是到底该用多少不清楚，有的认为用的越多*菌效果越好。如果亩用量超过500公斤，则会带来不良的后果，可导致土壤有机质迅速分解，腐殖质积累减少，从而破坏土壤结构。同时，土壤中磷酸盐以及铁、锰、硼、锌、铜等微量元素也会形成难溶性的沉淀物，有效性降低。大量使用石灰而未施其他肥料，土壤养分大量释放，作物不能全部吸收，导致养分流失，致使土壤肥力下降。所以石灰用量必须适当，正常情况下，用生石灰消毒土壤时的用量为每亩不超过100公斤。此外，用之前如果土壤的pH超过7.5，切忌再用生石灰处理土壤。
黄瓜、南瓜、甘薯、蚕豆、豌豆等耐酸性中等，要施用适量石灰；番茄、甜菜等耐酸性较差，也要重视施用石灰。
中和能力强的石灰或同时施用其他碱性肥料时可少施，而施用生理酸性肥料时，石灰用量应适当增加。降水量多的地区用量应大些。撒施，中和整个耕层或结合绿肥压青或稻草还田的可大些。如果石灰施用于局部土壤，用量就要减少。土壤酸性强，活性铝、铁、锰的浓度高，质地黏重，耕作层较深时石灰用量适当多些；相反，耕作层浅薄的砂质土壤，则应减少用量。旱地的用量应高于水田。坡度大的山坡地要适当增加用量。
合理施用有此菜农习惯将生石灰与有机肥等一起撒入土壤，然后翻地给土壤消毒，这种做法是不科学的，因为生石灰容易与发酵好的有机肥起反应，不仅影响有机肥的肥效，还影响了生石灰的*菌消毒效果。正确的使用方法是先将生石灰撒入地里，深翻地，隔4~7天后再施有机肥。
此外，石灰不宜连续大量施用，一般每隔2年施用1次即可，否则会引起土壤有机质分解过速、腐殖质不易积累，致使土壤结构变坏，诱发营养元素缺乏症，还会减少作物对钾的吸收，反而不利于作物生长。
石灰肥料不能和铵态氮肥、腐熟的有机肥和水溶性磷肥混合施用，以免引起氮的损失和磷的退化导致肥效降低。
石灰用作农药使用时，如配制波尔多液、石硫合剂等，生石灰含量应在95％以上；在配药及施药过程中，要注意安全防护。
注意补菌生石灰撒入土壤中后起反应时会产生大量的热，能够*死细菌。此外，反应生成的氢氧化钙是强碱，也能够*菌。因此，用生石灰处理完土壤后，要注意补充有益微生物菌，可在定植前撒施或定植后随水冲施来补充有益菌。
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