高大沙山间的低地有144个内陆小湖，主要分布在沙漠的东南部。
由于蒸发强烈，湖泊积聚大量盐分，边缘生长芦苇、芨芨草等，为主要牧场。有些湖盆边缘有淡水泉出露，为治理沙漠提供了条件。
巴丹吉林沙漠平均每10平方公里不到1人。
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乌日斯草原
乌日斯草原为阿左旗乌日斯文化旅游发展有限公司开发建设的一集民俗文化、生态旅游为一体的旅游景区，地处阿拉善中心城市——巴彦浩特西郊。
景区可提供餐饮、住宿、沙漠探险、生态科考、会议接待、文艺演出等多项服务。
阿拉善乌日斯草原文化旅游区拥有草原和沙漠两类自然资源，其更具有代表性的是人文资源，
主要包括：全国当前最大的蒙古包村落，全国最高标准的摩托车赛场，国家生态沙漠治理工程，那达慕主会场，沙滩娱乐场，乌日斯敖包，马奶、驼奶加工厂等。
这里紧依城镇，交通便捷、服务设施完善、旅游项目丰富。阿拉善乌日斯草原文化旅游区目前可开展的旅游项目有：阿拉善特色餐饮，蒙古包特色住宿，马术表演及赛马……
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东居延海水利风景区
