分子人类学就是利用人类基因组的分子分析以及DNA遗传信息来分析人类起源、民族演化、古代社会文化结构的一门新兴学科。通过检测不同特定住民的DNA序列，科学家能判断特定住民之间或之内的亲属关系和是否属于同一基因组，以及是否发源自同一个地方。中国最早的分子人类学机构是2002年在复旦大学建立的现代人类学研究中心。根据科学家十多年的检测和研究，已经基本掌握了每个民族的DNA信息以及各个民族的来源情况。总的说来，中国境内的大多数民族都是同宗同源的。
一，最早的进入中国境内的人类不是中国人的祖先目前为止，人类起源于非洲已经在考古学和人类分子学上得到了证实。而最早在进入中国的直立人（巫山人、元谋人、蓝田人等）和早期智人（如丁村人）都在第四纪冰川时期灭绝，因此他们并非是现在的中国人的祖先。大约在20万年前到10万年前，晚期智人（现代人祖先）在非洲形成，并逐步扩展到全世界。这支晚期智人最早走出非洲的是棕色人种和矮人人种。
棕色人种的基因为C，其广泛分布于东亚大陆。后来随着黄种人的到来而被迫转移到了高原、草原和比较封闭的海岛地区。他们的后代大多数成为了游牧民族。在东亚大陆，保存棕色人基因比较高的民族有鄂温克族（65%）、鄂伦春族（61）、布里亚特蒙古族（60%）、蒙古族（55%）、哈萨克族（45%），达斡尔族（31%）、锡伯族（27%）。
棕色人种迁徙路线图
矮黑人的基因为D，曾经也是广泛分布于东亚大陆，也受到黄种人的排挤而生存在高原和海岛地区。目前保存D基因最纯正的民族是安达曼人，在东亚大陆能够保存比较高的比例有藏族（50%）、土家族、彝族、缅甸族、克钦/景颇族、瑶族等。
第二支走出非洲的是黄白人种，大约到达西亚或者印度地区后，黄白人种开始分道扬镳。留在西亚地区或者进入欧洲草原的形成了白种人（欧罗巴人种），进入印度、东南亚森林的成为了黄种人（蒙古利亚人种）。随后黄种人迅速在东亚地区扩张，并开始取代更早到来的矮黑人和棕色人种。
黄种人迁徙路线（紫色）
而黄种人又有大量的分支，十分复杂，主要分为N系和O系两大类。N系就是因纽特人，数量很少，他们很早就跋涉到了蒙古高原、西伯利亚等地生存，并和早期到达此地的棕色人种民族发生了混血。21世纪初，考古学家在蒙古发现了匈奴古尸骨，进行了基因检测后发现以N系基因为主，说明匈奴人和现在的因纽特人有血缘关系，后来匈奴被汉朝击败后被迫迁徙。现在布里亚特蒙古族依然有27%的N基因。O系则是东南亚和东亚主要居民。而O系黄种人也是中国大部分民族的共同祖先，其人口比例超越92%。因此，可以说，中国大部分民族都是同宗同源的。
二，从百濮到古羌族：华夏族的来源大约在3万年前，O系黄种人到达缅甸、云南、印度东北这一带地区，开始出现了分裂。其中O3从云南进入中国大陆，在云贵高原地区形成了“百濮”民族。在云南地区还有大量的古老民族，他们就是最早的百濮，如独龙族、彝族、景颇族、纳西族、傈僳族、白族、哈尼族、拉祜族、普米族、怒族、阿昌族。这些民族都是汉藏语系民族，其基因都是以O3为主，其中独龙族的O3—m122（汉族基因）高达100%，可见他们的基因十分古老和纯正。
