宝塔上高悬“药师佛塔”的匾额，是原佛教协会会长赵朴初的手迹；消灾延寿药师佛塔寓意着为众生消灾延寿，保佑健康，国泰民安的意思。殿内供奉的药师佛铜像，为明代的珍贵文物，此宝像原供奉于北京雍和宫，1972年由赵朴初向国务院提请，经周总理批准送给南京灵谷寺，灵谷寺维修时，将该佛像暂存市文管会，药师佛宝塔建成后，就供奉在药师塔内了。
药师佛塔的外面是绕塔回廊，臧红的廊柱，干净整洁的朝拜路，显得殊胜庄严；绕塔可除业障，积累功德，但一定要顺时针绕塔；宝塔的每一面还有佛龛，内供玉佛像，白璧无瑕，光洁圆润，虔诚绕塔三圈，礼拜诸佛。
