六朝时期的石头城位置
从此之后，固若金汤的石头城登上了历史的舞台，成为了六朝时期江南政权最重要的一座军事基地。
石头城，周长七里一百步，约折合3200多米，虽然看起来不是特别大，但由于地形险要，其地位却非比寻常。石头城中建有军械库、粮草库，平时设置重兵把守，还命令心腹大臣或者太子亲自坐镇。西晋文学家左思曾在《吴都赋》中写“戎车盈于石头”，就是当年石头城兵甲之盛的真实写照。
南京历代皇宫和石头城的位置
同时，石头城还兼任烽火台的作用，江上但凡有风吹草动，城头烽火一起，长江沿岸的军哨全部知晓，立时守备。素来都有“江边有警，必先据石头以为捍御”之说。
因此，在六朝时期，谁能够控制了石头城，谁就能将都城的军事权掌握在自己手中。有了军事权，也就控制了天子和朝政。所以，石头城无论是在军事还是政治方面，都具有无与伦比的地位。
而纵观数百年的南朝历史，石头城每次都站在了风口浪尖之上，影响着历史车轮的走向。
公元279年，晋武帝司马炎发兵南下灭吴，大将王濬首先攻陷石头城，使都城建业无险可守。残暴的吴后主孙皓躲在石头城中面缚请降，留下了“一片降幡出石头”的历史笑柄。自此之后，东吴灭亡，三家归晋，小小的石头城为浓墨重彩的三国历史划上了最后一个句号。
在石头城中被俘虏的吴主孙皓
东晋时期，大将王敦叛乱，晋明帝以名臣温峤驻守石头城，捣毁了王敦的阴谋，使东晋王朝得以延续命脉。东晋末年，名将刘裕北伐中原，卢循、徐道覆乘虚进犯京城，刘裕火速班师回朝，入驻石头城中，使卢徐二人无功而返。 刘裕也因此创下了不世之功，代晋自立，建立了南朝刘宋政权。石头城下，见证了南朝历史大幕的开启。
南朝宋武帝——刘裕
南朝梁武帝末年，侯景之乱爆发，攻破建康宫城，大肆烧*掳掠，连梁武帝都因此丧命，却只有石头城保存完好。后来，石头城被北齐占领，大将陈霸先兵围石头城，北齐兵才惨败而归。陈霸先乘势掌握政权，建立了陈朝，完成了六朝时期最后一次政权更迭。
公元588年，隋文帝杨坚发兵伐陈。隋将宇文述率军渡江，攻占石头城，仅仅三天之后，陈朝都城建康既被攻破，陈后主成为了隋军的阶下之囚，石头城再一次见证了天下的大一统，以及一个时代的彻底终结。
