然而，随着工程的深入运营，一些问题也逐渐显现出来，如水库泥沙淤积、生态破坏等。
三峡水库在17年的运营中，已经输入了18亿吨的泥沙，这会对水库造成多大的伤害？
首先是降低水库效能。淤沙会降低水库的蓄水能力，使得水库不能充分发挥防洪功效。由于淤沙的积累，水库的库容逐渐减小，使得水库在应对洪水时能力大打折扣。
三峡大坝在夏季雨水多的时候有一个削洪峰的功能，这严重依赖三峡水库的库容，沙子多了，存的水就少了，洪水来临时水位上涨很快，最后只能开闸放水，这是毋庸置疑的。关键在于能顶多长时间，多一分钟下游就少一份危险。泥沙堆积让三峡大坝削峰的时间缩短，如果不清理那么三峡大坝这个最重要的功能就要废了。
三峡水库还有一个功能就是发电，水电站发电主要靠的就是水的势能，没有哪个发电站能靠沙子发电的，沙多水少，发电量就少，典型的案例就是三门峡水电站。
三门峡水电站与三峡水电站名字仅有一字之差，它俩一个在黄河一个在长江，黄河的泥沙比长江要严重很多，几乎是一碗水半碗沙。当年修筑三门峡大坝时没有考虑到排沙的问题，后来不得不把原先发电用的闸门用作排沙孔，这让三门峡大坝的发电量大打折扣，没办法，黄河里的泥沙实在太多了。
三峡大坝现下还没有严重到这个地步，2022年三峡大坝发电量为480多亿千瓦时，16年来年平均发电量在700亿度左右。
目前三峡大坝清理淤沙主要使用的是蓄清排浑，也可以叫做积水冲沙。就是在水量充沛的季节蓄水，然后将水快速的放出去，在此期间底部的泥沙会和超高流速的水一起被排出去。
