如果选择的亲鱼是4厘米大小的一对，它们会在8--12个月后开始产卵。如果选择的亲鱼更小，则需要更长的时间。在亲鱼成长中，会有一条生长速度远远超过另一条，那条长的快的就是雌性。一般情况下雌性要比雄性大2--3厘米，也有一些雌性个头和雄性很接近，但个体相近的亲鱼繁殖情况不如差异大的好。不论选择个体多大的幼鱼来培养，如果强化饲养2年后仍不能产卵，就属于配对失败的案例。有时候，没有夫妻关系的两条小丑鱼也能在小环境中生活在一起，你会发现它们而尔也会打架，那不是夫妻不和，而是互相没有爱慕的意思，这种情况必须更换亲鱼。如果将多对小丑鱼分别放在多个临近的鱼缸中进行繁殖实验，要将鱼缸侧面用遮盖物遮掩起来，保证它们互相看不到。成熟后的亲鱼互相攻击性很强，如果它们互相能看到，会隔着玻璃互相*扰，影响正常繁殖。
小丑鱼一般喜欢将卵产在花盆内壁或光滑的石头表面，只要亲鱼产过一次卵，以后就会定期产卵，每次间隔大概2--3星期。产卵前亲鱼会用嘴清理石头或花盆的表面，这个过程有的时间很短，有的则需要几天时间。然后，雌鱼开始产卵，而雄鱼马上为这些卵受精。刚产下的卵石橘红色的，不久就变成暗红色。根据亲鱼的大小和健康情况，一窝卵可以在200--500枚之间。如果雄性没有疾病，这些卵基本上都可以受精。
产卵后，亲鱼会照顾鱼卵，而且非常细心，它们不断地煽动鱼鳍为卵送去新鲜的水。你可以将卵取出来人工孵化，很多养殖场是这样做的，可以节省亲鱼体力。但在家庭饲养中，最好让它们自己孵化，我觉得它们更需要体会做父母的快乐来维系互相的恩爱。卵的父亲是具有责任的“硬汉”，当有其他鱼靠近卵的时候它会主动的出击，即便入侵者大出自己好几倍也从不畏惧。如果你将手伸进鱼缸，照样会遭到它的攻击。卵的妈妈不停为卵“煽水”，并用嘴一个个轻微地触碰它们，如果有死卵，它会马上将其清除，以免连累其他卵。此间可以停止换水，减少投喂量，并保证按自然昼夜开启光源。
根据水温的不同，卵一般会在产出后7--10天里孵化。我用27℃的水来孵化，在第8天晚上关灯后小鱼就会一窝蜂地孵化出来。孵化前，鱼卵上可以明显地看到仔鱼的眼睛，而且它们在不时地动。在孵化一刹那，所有的小鱼会一下子蹦向水面，此时你必须在场，并关闭过滤系统，防止小鱼被水泵抽走。当小鱼孵化出来后，你可以用塑料管将它们吸到一个没有过滤系统的容器里饲养。
