公元647年，上千只山羊驮土填湖的浩大工程开始了。为了感谢这些山羊，大昭寺内的强巴佛像殿里至今都有一只神羊惹姆杰姆的雕像。而大昭寺原名叫“惹萨垂朗祖拉康”，意为“羊土幻化经堂”。藏语“惹萨”即是山羊土地的意思，也是纪念山羊驮土填地，后渐渐演变成为“拉萨”，藏语意思是“圣地”。这也是为什么人们常说，“先有大昭寺，后有拉萨城”，如果没有去过大昭寺，就等于没去过拉萨。
大昭寺的整座大殿是以佛教关于宇宙的理想模式曼陀罗，也就是坛城的形状来设计建造的，因此叫坛城院。又因为是藏王和两位公主发动藏、汉、尼泊尔的工匠们共同修建的，所以我们可以看到金灿灿的汉式风格金顶和金顶下的斗拱结构，配合着藏式的碉楼、雕梁和主殿，以及檐下排列成行的103个尼泊尔风格木雕伏兽和人面狮身相得益彰。
据藏史记载，公元651年，也就是松赞干布之孙芒松芒赞继承了王位后，民间有谣言说，唐朝将派50万大兵入吐蕃，还要抢走文成公主带来的“觉卧佛像”。这个消息引起了吐蕃王朝朝野上下的不安，人们把大小昭寺的两尊等身佛像做了调换，又把觉卧佛藏于大昭寺内的一间神殿护房中，并在护房的门上画了文殊菩萨像以祈祷和平。
索性大兵并没有来，来的是唐朝的另一位公主。公元710年，唐中宗的养女金城公主出嫁藏王赤德祖赞，为雪域高原又一次带来了和平的信息。到达拉萨后，金城公主亲自询问当初文成公主所带来的佛像的下落，藏地的人们这才把封藏在护房长达三代王朝之久的觉卧佛像请出，没有再搬回到小昭寺，而是供奉在大昭寺的主殿内。藏族百姓称这里为觉卧康，即释迦殿。
每年新年，喇嘛们都会为觉卧佛涂金，年复一年，这也是为什么如今的释迦牟尼12岁等身像看起来要更胖、更年长一些的原因。
公元7世纪后期和9世纪中期，大小昭寺先后遭受了两次灾难。第一次毁佛运动是由信奉西藏原始宗教苯教的贵族大臣们发动的。第二次则是在藏王朗达玛执政时由其本人发动的。好在觉卧佛像被信徒们悄悄地埋藏了起来没有受到损伤，不过迦牟尼佛八岁等身像就没有那么幸运，有人说那巨大的损伤是那两次灾难中的一次，也有人说是在那个特殊的年代。
大昭寺的殿堂内是昏暗拥挤的，游人与信徒们摩肩接踵，一股股热气裹挟着酥油灯的气味扑面而来。虔诚的藏民拎着大桶酥油排着队，挤进黝黑狭窄的殿堂，把酥油倒进灯火幽明的酥油缸里，站在原地闭目祷告。
一簇簇的游客在嘈杂的人声中，费劲地边听边寻找着导游或讲解员所讲的地方。如果想看清大殿里《文成公主进藏图》和《大昭寺修建图》的壁画，真的要把脸贴得非常近。
主殿的南墙角，有个半人高的青石瓮，据说是是当年修大昭寺时留下的。石面上有个小孔，据说直通地下的湖面。如果耳贴小孔能听到湖水声音的话，说明有慧根。如果修行有道，还能听到罗刹女魔的呻呤声。可我什么都没听到，全是殿内鼓噪的人声。
即便西藏全民信教，但藏传佛教也有很多派系，每个寺院大多只归属某一教派，然而大昭寺则是各教派共尊的神圣寺院。大昭寺的意思为“大寺庙的集会厅”，所以在大昭寺中，藏传佛教里的宁玛派、萨迦派、噶举派和格鲁派，以及西藏的原始宗教苯教，这五大教派的僧众们所信仰的本尊和护法诸神，以及各派的祖师们都在这里有自己的一席之地。
历史上，无论哪个教派在藏地占据主导地位，大昭寺都会得到特别的礼敬。大昭寺中有红教宁玛派的开山祖师莲花生大师的造像、有白教噶举派祖师米拉日巴尊者的造像、有花教萨迦派的祖师们——萨迦五祖的造像，更有黄教格鲁派创始人宗喀巴大师和他八大弟子的造像，他的八大弟子中，根敦珠巴后被追认为第一世达赖喇嘛，藏族人认为他是观世音菩萨的化身；另一位克珠杰，后来被追认为第一世班禅，藏族人认为他是无量光佛的化身。
