另外剧中的故事也禁不起细琢磨，比如第一个故事最后的凶手是一个舞娘，可一个小小的舞娘怎么会知道兰钰在珠子里藏了密函的事情，又怎么知道谢好跟兰钰的交易，在前面的剧情当中，兰钰是用了多少人力物力才发现密函藏在珠子里，结果也不知道舞娘通过什么渠道就完全掌握了这一切秘密。
原本以为在舞娘的背后可能会有更厉害的人物，但看到最后才发现好像真的就只有她一人。
《显微镜下的大明》这部剧是马伯庸本人担任编剧的首部作品，虽然这部剧宣传的时候有悬疑的标签，但实际上并算不上一部悬疑剧，原著甚至连小说都算不上，用网友的话来说，更像是一部明朝版的“新闻调查”。
这部剧虽然没有什么悬疑感，但剧情却非常吸引人，如果细看下来，会发现没有哪一处情节是没用的。
比如全剧的第一场戏，帅墨家给两户农家量地，但是丈量了几次之后，发现每一次实际丈量的尺寸都要比地契上少四分，两家人为此大打出手，帅家默则百思不得其解。
这场戏看起来像是一出闹剧，但实际上却引出了这部剧真正的主线“苛政猛于虎”，当时普通农户地契上的亩数会比实际亩数多，这样官府收税时，普通农户就要多交税。
而在后面的剧情中演了乡绅大户地契上的亩数则要比实际的亩数少，这样乡绅大户就可以少交税。
当帅家默一直纠结这个问题的时候，他的好友丰宝玉说出了一段非常讽刺的台词，他对帅家默说：“你跟那些刁民有什么可计较的，到最后还不是比谁的拳头大。”
