抚育管理定植后1～3年内，果园行、株间比较空旷，利用这3年内逐年进行一次扩坑，压施各种有机质肥（如绿肥、杂草、蔗渣、滤泥、堆肥等），增加土壤有机质、各种营养元素，改善土壤理化性质，以利于余甘子根系发育和水平根生长，以及植株生长发育。为使余甘子获高产稳产，每年采果后可结合松土除草，每株宜施用10~15kg土杂肥、0.5~1kg磷肥，这对恢复树势和促进花芽分化很有好处。有条件的，可在着果后小果发育期施1~2次速效氮肥，能减少落果，促进果实膨大，提高产量。同时，余甘子进入结果期后仍需进行整形修剪，以及经常清除病虫枝、过密枝、下垂枝、枯枝等。各个梢期和生育期又要认真抓好病虫害的防治，做好保梢、保叶、保花、保果工作。
病虫害防治余甘子病害主要有：①余甘锈病，可用65%可湿性代森锌粉剂300~500倍液，或80%可湿性代森锌粉剂500~800倍液，或50%可湿性退菌特粉剂500~800倍液喷防。②余甘果实青霉病，采收果的果实可用食盐处理。③余甘炭疽病及假炭疽病，可在抽梢期、花期及幼果期喷药保护，常用药剂有：1：1：160波尔多液；50%多菌灵可湿性粉剂500~600倍液；70%甲基托布津可湿性粉剂900~1000倍液或75%百菌清可湿性粉剂500~600倍液。主要虫害有蚜虫、介壳虫、象甲、毒蛾、虫瘘、尺媛、木蠢蛾、卷叶娥等，可采用20%*灭菊酯2500~3000倍液，或10%氯氰菊酯乳剂2000~4000倍液喷防。采收加工贮藏余甘子为丰产性树种，实生树一般在3~4年开始开花结果，根囊分株繁殖2~3年开花结果，嫁接繁殖第2年即可开花结果。
一般10多年生嫁接树可结果40~50kg；20~30年生的树可结果50kg以上；百余年生大树可产150~200kg。余甘子树体比较高大，可采用竹梯采摘，对于一次性成熟品种可以待成熟后一次采收；对于多次开花结实的品种，可分批采收。在广东，余甘子一般10~12月成熟。余甘子果柄短，采收时注意别伤果皮，采后常温条件下放置在阴凉处，可以贮存40d左右。余甘子果实可以留树越冬，适当地留树贮存可以降低酸度和涩度，提高甜度，延长市场供应时间。除鲜食外，近年来对余甘子的加工开发越来越引起重视，开发有果脯、系列饮料、果酱、余甘粉、余甘油、提取单宁等。
