在育苗阶段，由于圣女果的种子较小，需要特别注意播种量和温湿度的管理。
先将种子浸泡于清水中4~6小时，然后进行10~15分钟的百菌清消毒（搅拌均匀），最后用清水洗净。
可以将种子装入沙布袋中，外面包上湿毛巾，置于25~30℃的环境中避光催芽；或者直接用清水洗净后，拌入细沙进行播种育苗。
苗龄期通常为45天左右，幼苗的生长适宜在白天20~28℃，夜间10~15℃，相对湿度在60%~70%。
在光照不足时，可以采取白炽灯或其他生物效应补光的方式。湿度的管理原则是早浇晚不浇，保持土壤见干见湿。
在距离定植前7~10天，通过控制水分和降温等手段进行炼苗，以减少矮花株的出现。
圣女果的种子千粒重为1.4~1.8克，良好的幼苗对早期产量有重要影响。
在育苗期间，需要特别注意防治番茄卷叶病毒，可以使用防虫网或黄板隔绝蚜虫和白粉虱的入侵，以防止病毒的传播。
苗长至四片叶并在移植前两天，应使用叶肥，适当选择4~6片叶的苗龄进行定植。
