秋季分株一般在9月下旬到10月中旬为宜，这时牡丹花芽分化已经形成（部分品种比如重瓣稍微晚一点），不会影响来年开花。再加上分株后尚有一段时间可以促使根部萌生新根，不至于过晚造成温度过低未能形成新根，从而萎蔫甚至死亡。
牡丹的上盆，有两种，一种是野生牡丹生桩上盆培育，一种是人工地栽方式的成株上盆。我国野生牡丹资源虽然丰富，然而不少品种属于濒危保护植物，因此，尽量不要破坏野生资源，因为很有可能触犯法规。第二种，多为规模种植，一般4年以上的成株牡丹，可以开花欣赏，因此多从地栽转为盆栽，同时结合分株进行。
牡丹上盆，首先尽量保证地栽牡丹根系完整挖出，然后轻微抖去附着在根系上的泥土，对根部进行适当修剪，剪去病根烂根，涂抹愈合剂或者草木灰或者红霉素软膏，然后放置阴凉处晾晒两三天再上盆。
牡丹性喜疏松肥沃排水良好的中性沙质土壤，比较耐弱碱性土壤，然而在酸性土壤和黏质土壤中生长不良，这点要注意。因此在配置土壤基质的时候，可以用腐殖土、园土和沙土混合作为基质。
