孔雀河与车尔臣河汇入塔里木河，经库鲁克河流入罗布泊。罗布泊是古楼兰的生命之源，罗布泊的迁移，使楼兰水源枯竭，植物死亡，导致了气候恶劣，楼兰人被迫弃城，使其成为一片“鬼域”。
但也有许多学者认为，楼兰的衰亡与战争紧密相关。楼兰所在位置不仅是丝绸之路上的国际中转贸易站，同时也是军事要冲、兵家必争之地。
根据古*载，楼兰古国的最后存在时间在东晋十六国时期，这是中国古代历史上政局最为混乱的时期，北方许多民族自立为藩，相互战争。楼兰的最佳位置也成为最恶劣的位置，频繁的战争、掠夺性的洗劫使楼兰的植被和交通商贸地位受到了毁灭性的破坏。
不过也有人认为，楼兰的消失源于瘟疫，还有说法是生物入侵，包括和与罗布泊的南北游移有关，抑或是与丝绸之路北道的开辟有关等等。
