1、屋顶上安装光伏发电板的前期成本比较高，主要是购买钢材支架、光伏板组件、直流线、逆变器和一些加固件辅材，暂且先不说人工安装费用，这样算下来前期的投资成本也是非常高的，对于普通农户来说回本周期太长，短时期内很难看到效益。光伏板组件若是出现问题，一般不专业的人进行维修，会显得比较麻烦，假如请一些专业的光伏后期维护师傅，价格不菲，普通农户承担不起，得不偿失。
2、光伏发电是利用光的伏特效应，把太阳能转化为电能。当阳光充沛的情况下，太阳能电池板发电转化率就会高一些，反之亦然。所以，多云的时候发电量大于阴雨天，白天发电量大于夜晚，夏天的发电量大于冬天。所以这就导致太阳能光伏板发出来的电量不具有稳定性，时弱时强。相比于火电，稳定性太差，不利于电量的恒定输出。
3、在安装屋顶分布式光伏支架的时候对房屋的建筑结构要求特别高，房屋一定要承受着光伏板组件的重力。支架的安装需要对屋顶进行打孔、安装膨胀螺丝钉，加固光伏板的支架。如果购买的支架材质太差，后期光伏板组件有可能从高空飘落下来，砸伤行人。如果在房顶开工不当会导致房屋出现漏水现象。
4.屋顶面积有限，所以安装的光伏板组件数量也是有限的，
那么光伏板组件发出的电量也是有限的，不能够几何倍数式的发电，也是屋顶分布式光伏发电的短板。
