根据画作中的暗文，艾吉奥找到了毕达哥拉斯神庙的位置。救下达芬奇后，二人一起进入了密室。
在密室中二人看到了传说中的毕达哥拉斯“完美数字”，达芬奇认为这串代码毫无意义，艾吉奥却说这并不是留给他们的。（二代结尾与密涅瓦对话后，艾吉奥虽然一头雾水，但大概猜出了先行者是通过他向未来的人传递信息）
毕达哥拉斯学派相信，自然的力量可以用数字描述出来，数学将是人类得以操控自然力量的工具。他们认为数即万物，万物皆数。所以他们相信这座神庙中的“完美数字”可以连接世间万物、启人心智。（大乘佛法？）
之后艾吉奥继续走上了追击西泽尔的征程，一年后终于干掉了西泽尔。
另外，戴斯蒙德的父亲——威廉·迈尔斯在本DLC中以声音的形式再次登场（上一次是在《兄弟会》结尾，戴斯蒙德晕倒之后），他在昏迷的戴斯蒙德身旁，通过Animus看到了艾吉奥的这段记忆，从而得知了神庙中的代码。后来他们发现，这串代码其实是先行者建造的大神殿的坐标（纽约附近）。关于大神殿，后面的作品还会再提到。
兄弟会 现代剧情
在Abstergo袭击了戴斯蒙德等人所在的仓库后，他们前往蒙特里久尼，躲进了奥迪托雷庄园地下的圣堂中。
在戴斯蒙德继续探索了艾吉奥的记忆后，刺客们发现艾吉奥将伊甸苹果藏在了罗马斗兽场的地下密室里。戴斯蒙德从密室中取得金苹果时，却被先行者朱诺控制了身体，戴斯蒙德被朱诺强迫用袖剑刺死了露西。
