在学校里，哈利被分到了格兰芬多学院，认识了两个亲密的好友、战友——罗恩、赫敏，当然，还有斯莱特林那个令人讨厌的死对头马尔福。为了哈利以后能当大任，邓布利多开始暗地里有意识地对哈利进行训练，在第一个学期，哈利和朋友们为了阻止被伏地魔俯身的奇洛得到魔法师，穿越了重重阻碍，最终成功保护了魔法石，三人不同的特质也初次显露。
第二个学期，由于卢修斯·马尔福将伏地魔的日记放到金妮的书包里，伏地魔的魂器之一得以进入霍格华兹，并放出蛇怪。为了让学生能够 保护自己，学校开展了黑魔法防御术特训，哈利在与马尔福对战的过程中展露蛇佬腔，被怀疑是斯莱特林的传人，惨遭格兰芬多排挤。赫敏在寻找证据的过程中被石化，雪上加霜的是，金妮也不见了。为了救回所有被石化的人和失踪的金妮，哈利第一次来到斯莱特林的密室，日记魂片放出蛇怪攻击哈利，千钧一发之际，凤凰福克斯带着格兰芬多的宝剑出现，哈利成功抽出宝剑，*死蛇怪，并用蛇怪的毒牙*死日记魂片。在这之后，邓布利多才真正明白，伏地魔通过制作魂片达成“永生”，而哈利的成功反*也让他明白，魂器并不能简单地消灭。
时间到了第三年，哈利的教父小天狼星出场，在波特夫妇死去那一晚，小天狼星被小矮星彼得陷害入狱，坐了13年的牢。小天狼星从阿兹卡班越狱，一路追随哈利回到霍格华兹，并与昔年好友卢平重逢。哈利虽然认为小天狼星是来*死自己的，但当在活点地图中看到小矮星彼得的时候，还是惊呆了。因为活点地图出现了小矮星彼得的名字，卢平开始意识到，当年的事别有隐情，小天狼星是无辜的，两位昔日的好友联手捉住罗恩和老鼠斑斑，并在哈利面前，将老鼠斑斑变回人形——小矮星彼得。一切真相大白，可惜因为卢平突然化狼，让叛徒逃走了，小天狼星依旧没能洗刷冤屈。
小矮星彼得回到了他的主人身边，主仆二人将复活的希望放在三强争霸赛上。哈利的名字被偷偷放入火焰杯，成为比赛的第四名选手。由小巴蒂·克劳奇变成的傲罗穆迪一路帮助哈利赢得比赛，就是为了让他在最后一关通过火焰杯门钥匙被传送到墓地，成为伏地魔复活的重要一环。
