夜晚，玉儿独自一人在屋外弹琴。郡主出来为她分析小雪离开的原因，说是因为他们三方的感情问题，小雪怕妨碍玉儿与靖仇，所以独自离开了。玉儿听后，决定成全小雪与靖仇，要去找小雪说明白。想起白天郡主说过有密道可通往宇文太师府，所以请求郡主带其前往。
郡主带领玉儿来到太师府后院密道入口，由玉儿一人前去找小雪。通过密道后，在房中见到小雪，两人一番交谈， 才知小雪离开并不是因为感情原因，而是因为知道了宇文大师收集神器的真正目的。原来他是为了弥补赤贯星造成的结界裂痕，防止西方魔界的入侵。而此前靖仇几人以及宇文太师寻找到的女娲石其实都是假的，真正的女娲石就是小雪自己，而宇文太师则是昆仑镜的化身，同为神器，能够相互感应。这也是为什么小雪自从觉醒潜能后，经常头痛的原因，以及灵武隋营中靖仇手上的昆仑镜被轩辕剑一击而碎，因为他手中的昆仑镜本就是家的。玉儿听完后，选择相信小雪，小雪此时则为了协助宇文太师弥补天空裂痕，还不能随玉儿回去。为了更好地向靖仇解释，让小雪留一封书信由自己带给靖仇，而后离开返回入口与郡主会合。
见到郡主后，郡主询问事情结果，玉儿则把从小雪口中得知的消息告诉了郡主，随后就要返回郡主府。谁知郡主突然翻脸，从后面偷袭玉儿，将她*死并毁了身上书信，随即离开。
另一边，则让自己的随从之一假扮自己并带领靖仇赶来此处。靖仇赶到后，见玉儿倒在地上，惊怒交加，上前抱起玉儿。随后小雪也出来，见玉儿情况，同样惊诧不已，发现玉儿还有气息，上前就要为其治疗。此时假郡主却开口，污蔑玉儿是小雪所*，小雪一时无从辩驳。靖仇也不知该相信谁，阻止小雪上前医治玉儿。小雪无奈，提醒靖仇赶快带玉儿去仙山岛请然翁和古月仙人救治，并感应到宇文太师正赶过来，催促靖仇赶紧离开。
最终靖仇将玉儿带到仙山岛，可是然翁和古月都不在，仆童帮忙出去寻找。等然翁和古月回来，玉儿已没了气息。起死回生已不可能，但古月还是为玉儿制作了一具水晶棺，可以保持玉儿的容颜不变。
玉儿死后，靖仇大受打击，终日消沉。过了几日，靖仇决定带玉儿的尸体返回拓跋部落，于是前去对弈亭向仙人辞行。古月劝解靖仇不要沉溺于仇恨中，如今的宇文太师，自己也非其对手。靖仇也表示，自己已无报仇之心，但对于玉儿的死还是不能释怀，询问是否有起死回生之法。古月告诉靖仇仙界有一起死回生阵法，但需集齐十神器，实是希望渺茫。
靖仇回到郡主府，带着师傅向郡主请辞离开。一日，靖仇师徒宿营于一处河边断崖，打炮一群拦路抢劫的强盗，救下一对行商夫妇后。巧遇从此路过前往太原的李世民。两人一番交谈，李世民三言两语就想出抗衡宇文太师的办法，激起靖仇的斗志。李世民也对靖仇生起惜才之意，邀请靖仇在太原自己府中做客，并相约城门口见面，靖仇慨然应允。
转道来到太原城，在城门口见到李世民，随其到府中。竟在里面见着分别已久的玉儿姐夫张烈，靖仇将玉儿身亡一事及经过告知，张烈并未责怪靖仇，而是对宇文太师生出同仇敌忾之心，决定一起去洛阳通天塔阻止他。前往洛阳需要经过云岗石窟，但石窟门口有阵法所阻，需“汰玉如来”才能破除，幸好张烈早有准备。张烈本就是有心问鼎中原之人，并一直为此做着准备，不但积累了大量财宝物资，而且还寻访到了宇文太师曾经的义父，拜其为师学习了鬼谷道术。分别时师傅告知张烈云岗石窟有众多增强道术的宝物，是以张烈本就想前往寻宝，因此已备好“汰玉如来”。
通过云岗石窟，出口前方即是通天塔，靠近后，见众多讨伐宇文太师的义士集结于此，却被塔下“地龙阴火”所阻，入不得内。不过对于破除“地龙阴火”张烈早有准备，在太原之时便已遣义弟李靖去找“泛云龙玉”，现在只需到洛阳与其会合即可。
进入洛阳城，竟在客栈门口发现独孤郡主的随从之一单小小，打过招呼后才知道，她们主仆三人也是为了阻止宇文太师而来到洛阳，现今正在客栈楼上。上楼与郡主相见，郡主见靖仇从拾斗志，再次前来阻止宇文太师，很是高兴，随后分别去寻找李靖。
城门口见到李靖夫妇，得到能破除“地龙阴火”的奇物“泛云龙玉”。接着张烈邀请众人到他所在洛阳的府邸相聚，将十数年积累的金银物资悉数赠予李靖夫妇，用以辅佐李世民建立一番事业。张烈自从在太原与李世民相见之后，自认为李世民更具有天子之相，所以自愿退出争霸天下之列。
之后张烈与靖仇师徒进入通天塔，破除塔下阻挡大家进入的“地龙阴火”，一路*到塔中大厅后，遭遇隋军大将韩腾阻挡，众人将其打败，但韩腾在临死之时的奋力一击伤到了靖仇师傅，为了不拖累大家，师傅决选择留在大厅休息，众人继续前行。在塔顶见到宇文拓（宇文太师）。双方开打，结果仍然不是手持轩辕剑的宇文拓的对手。宇文拓对于靖仇五次三番阻止他的计划，也异常恼怒，决心不再容忍，就要下*死之际，独孤郡主适时出现，挟持小雪逼迫宇文拓交出神器。宇文拓不肯就范，靖仇趁其不备飞身上前砍断其手臂，独孤郡主也趁机出手，将宇文拓打伤。随之，郡主突然变的张狂起来，嘲笑宇文拓费尽千辛万苦，结果她才是最终的胜利者。同时也嘲笑靖仇，感谢他一直以来帮她阻止宇文拓。而后，天空异象突起，一颗红色的妖星划过空中，众多魔怪进入到中原大地。此时，脱身的小雪突然捡起地上的轩辕剑，带着靖仇和张烈脱离了此地。
靖仇醒过来之后，已是在一个山洞中。身边只有张烈和小雪在，师傅此时也生死不明。满头雾水的靖仇向两人询问缘由，才知道原来自己才是那个错误的人。一直以为宇文拓收集神器是为了做皇帝，原来别人是已预见西方魔族要趁赤贯星划开的结界裂缝入侵，因而收集神器弥补裂缝。而独孤郡主本就是西方魔界派来潜伏在中原的女魔将，等待时机破坏中原结界的人。如今中原世界已是一片人间末日景象，魔人以人族为食，已面临灭亡境地。靖仇希望能够弥补自己的过错，却不知有何办法，小雪提议去仙山岛找仙人帮忙。
来到仙山岛然翁居，然翁表示自己也无能为力，提示靖仇去找身在莫支滩的古月。见到古月后，古月已知晓几人的来意，表示有办法应对目前的情况。即回到魔族入侵前的时间节点，延续宇文拓的计划，将裂缝弥补。要实行这个办法，一是要将宇文拓救出，因为宇文拓是昆仑镜的化身，具有穿越时间的能力，二是要夺回被独孤郡主拿走的神器，用以布置弥补裂缝的阵法。
分别从仙山传送阵进入殇魂塔以及蛰魂塔，从独孤郡主的随从单小小和尉迟焉红手中夺回崆峒印以及神农鼎。再次传送到原先的通天塔，想要救出里面的宇文拓时，却在塔下看到程咬金和李世民等人，交谈过后，原来他们组织了一批反抗志士，同样前来通天塔剿魔，却被塔下的魔界妖火所阻。靖仇上前以泛云龙玉欲除妖火，但却无效，于是便回然翁居请教仙人。
古月指出通天塔下的妖火是由西方魔法所造出的魔界妖火，决定亲自随众人一同前往。来到塔下即见程咬金、秦叔宝、李世民早已在此等候。古月施法将妖火去除，并提议兵分三路：李世民等人前去寻找伏羲琴，靖仇进入塔内救宇文拓，他自己则去塔顶布阵。一路*到大厅，在此看到被血茧所困的宇文拓。小雪上前为其破除血茧，随后独孤宁珂出现，众人将其打败，带着宇文拓来到塔顶。塔顶上其余人都已到齐，他们到来后，已经是万事俱备。
众人听从古月仙人的吩咐，开始运行“失却之阵”，让时间回到魔界入侵之前，李世民、程咬金、秦叔宝几人也回到了他们原本所在的位置。等宇文拓几人恢复体力后，古月仙人再次布置“虚空之阵”，准备通过阵法的力量上到赤贯星来弥补空间裂痕。虽知此时靖仇师傅竟也来到塔顶（时间的回转，所有的事情都返回到魔界入侵前，包括被魔界*死的人），看到靖仇与宇文拓一起在阵中，不明真相的他大为震怒，斥责靖仇竟选择和仇人一起，上前就要将靖仇拉出来，但阵法马上就要发动，为避免伤到师傅，靖仇将师傅推了出去。
之后阵法启动，众人来到虚空之门，经过次元交错空间时，发现伏羲神殿中天女白玉轮之阵。靖仇忆起这正是古月仙人曾经说过可以复活死人的阵法，于是请求古月在此复活玉儿。古月告诉靖仇，复活玉儿需耗费大量神器的力量，将影响后面裂缝的弥补，但如何选择还是由靖仇自己做决定。
靖仇难以抉择，听取了同伴们的意见（其实是由亲密度决定），最终决定不复活玉儿。众人继续前行，途经赤贯星支柱，最终到达赤贯星最核心深处，准备在此设立由女娲石为核心的“失却之阵”来弥补结界。
另一边，靖仇师傅陈辅认为大家都背叛了他，正失神落魄。独孤郡主来到面前，怂恿陈辅一起上赤贯星阻止宇文拓，但陈辅此时武功全失，自觉无能为力。郡主却拿出一颗“撒旦之果”交给陈辅，告诉他只要吃下，不但武功尽复，还可千百倍超越从前。
赤贯星内，众人已经做好最后准备，布阵之际，独孤郡主突然出现，将宇文拓击伤。靖仇三人上前合力将其击败，带古月治好宇文拓，开始运行“失却之阵”。赤贯星支柱处传来巨响，靖仇、小雪、张烈前往查看。原来是师傅在攻击支柱，师傅已吃下“撒旦之果”，不但武功远胜从前，人也变的疯狂，只好武力将其打败。
天上一日，地上一年。这一天，靖仇和小雪正在坟前祭拜师傅，并演奏了一首曾经最好的朋友教的曲子“如忆玉儿曲”。此时一家三口牧羊人从前面经过，当中的小女孩过来直夸曲子好听，还送了一朵花给小雪。然后她父亲过来叫她“玉儿”快走，全剧终。
